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법인세법상 법인세는 비영리 내국법인 즉 사립학교법 기타 특별법에 의해 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인의 각 사업연도의 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업인 수익사업에서 생기는 소득에 대해 이를 부과하는데, 교육서비스업 중 초·중등교육법 및 고등교육법에 의해 학교를 경영하는 사업에 대하여는 부과하지 않는다(법인세법 제1조제2호 나목, 제3조제1항제1호, 제3조제2항제1호, 동 시행령 제2조). 즉 학교법인이 사립대학을 경영하는 교육사업에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. 그러나 비영리 내국법인에 속하는 학교법인이 의료업, 임대업 등 수익사업으로 수익이 발생하는 경우에는 법인세를 부과한다(법인세법 제3조제2항제2호). 물론 이 경우 수익사업으로 얻어진 이익에 대해서는 학교법인이 고유목적사업준비금으로 처리하게 되면 이를 손금으로 산입할 수 있다(법인세법 제29조).
2. 상속세 및 증여세법
학교법인 등이 '96년12월31일 현재 발행주식 총수 등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식 등을 보유하고 있는 경우에는 당해 학교법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식 총수 등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20이하인 경우에는 '99년12월31일까지, 또한 당해 학교법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식 총수 등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 2001년12월31일까지 당해 발행주식총수등의 100분의 5를 초과해 보유하지 아니하도록 해야 한다(상속세 및 증여세법 제49조). 이 조항은 학교법인이 수익사업으로 주식회사등을 운영하는 데 많은 제한을 두고 있는 조항으로, 수익사업을 운영할 경우에도 발행주식의 5%이내의 지분으로 참가할 수밖에 없도록 규정하고 있다. 이 경우 5% 초과보유주식의 액면가액에 20%의 가산세를 부과한다. 실제로 제조업이나 금융업 등 주식시장 상장회사에 5%의 지분으로는 당해 회사의 경영권을 장악할 수 없고, 5%의 지분으로는 단지 주식배당에 만족할 수밖에 없는 입장이다. 물론 합명회사나 합자회사 등의 비공개회사의 형태로 경영을 할 수는 있으나 이는 소극적인 경영형태로 도리어 수익률면에서 불리할 가능성이 있다. 최근 모대학의 종합금융회사 퇴출은 학교법인의 수익사업에 있어서 바람직스럽지 못한 하나의 사례가 되었다. 이 때문에 현재 우리나라 학교법인의 수익사업의 대부분이 부동산 임대, 장례식장, 농장 등 단순한 업종에 머물고 있는 실정이다.
3. 부가가치세법
학교법인의 수익사업과 관련해 임대건물을 건축해 임대할 경우에 부가가치세 환급의 문제가 있다. 학교법인이 교육시설로서 학교건물을 신축할 경우에는 건축자재 등 시설재료등에 대하여는 부가가치세를 납부하지만, 수익사업으로서 사용할 임대용 건물을 신축한 경우에는 부가가치세의 매입세액을 환급받을 수 있다(부가가치세법 제17조 참조). 따라서 학교법인이 교육용으로 직접 사용하기 위해 건물을 신축한 경우에는 취득세, 재산세 등 각종 지방세가 비과세되지만, 건물신축에 따른 부가가치세는 환급받지 못한다. 그러나 학교법인이 수익사업으로 사용하고자 임대용 건물을 신축한 경우에는 취득세, 재산세 등 지방세는 부과되지만, 부가가치세의 매입세액은 환급받을 수 있다. 취득세, 재산세의 합계액과 부가가치세 환급세액의 금액 차이가 매우 크기 때문에 학교법인의 세무회계상 매우 중요하게 다뤄야 한다.
