법인이 세무서의 정기종합감사에서 특허권 평가 관련 구체적인 해명자료를 제출해 정상거래로 과세 없이 종결됐는 데도 다시 지방국세청 법인통합조사에서 같은 자료 제출을 요구받자 지방청 납세자보호위원회가 중복조사에 해당한다며 세무조사 중단 통보결정을 내렸다.

 

납보위는 세무대리인을 통해 정상적인 세무조사가 가능한데도 출석요구에 응하지 않았다는 이유로 세무조사를 중지하거나, 조사기간 연장사유와 기간을 유선으로만 안내한 것도 제동을 걸었다.

  

국세청은 지난해까지 5년간 전국 지방청·세무서 납세자보호위원회가 위법·부당한 세무조사 등 조사 분야 권리보호요청에 대해 182건을 시정 조치했다고 13일 밝혔다. 국세청 납세자보호위원회 재심의를 통해서는 최근 5년간 94건을 시정 조치했다. 다음은 납세자보호위원회 심의사례다.

 

 

B세무서는 2021년 3월 정기종합감사 과정에서 A법인에 특허권 평가 등 관련 자료를 요청하는 안내문을 발송했다. 

 

A법인은 B세무서의 해명요구 안내에 따라 2018년 취득한 특허권 평가 관련 증빙과 연구비용 지출내역 등의 자료를 제출해 정상 거래임을 해명해 과세 없이 종결됐다.

 

이후 조사청은 지난해 9월 A법인의 2017~2021 사업연도에 대한 법인통합조사에 착수했다. 그러면서 지난해 10월 2차례에 걸쳐 2018년 취득한 특허권 관련 자료 제출을 또다시 요구했다. 

 

지방청 납세자보호위원회는 이를 위법한 중복조사로 판단했다.  정기감사 당시 A법인에 구체적인 해명자료를 요구해 특허권 등록내용, 취득가액 적정 여부, 개인 연구비용 지출내역 등에 대해 검토하고 과세 없이 종결한 만큼 동일한 내용에 대해 다시 세무조사를 실시하는 것은 위법한 중복조사에 해당한다고 봤다. 

 

 

조사기간 연장시 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하지 않고 유선으로만 안내한 것은 조사절차 위반이라는 심의 사례도 나왔다. 지방국세청 납세자보호위원회는 조사기간 연장은 위법하다며 세무조사 중단 통보결정을 내렸다.

 

조사청은 C씨의 거짓세금계산서 수수 혐의가 있다고 보아 2016년 2기~2021년 1기 과세기간에 대해 부가가치세 세무조사를 실시했다. 이후 C씨의 해명자료 제출 지연을 이유로 납세자보호담당관의 승인을 받아 조사기간을 35일간 연장했다. 이 과정에서 C씨에게 별도의 문서통지 없이 유선으로만 안내했다.

 

지방청 납세자보호위원회는 조사기간 연장은 위법하다고 봤다. 조사기간을 연장하는 경우 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지해야 함에도 유선으로만 안내해 조사절차를 위반했다는 이유다.

 

 

과도한 조세채권 압류에 제동을 건 사례도 있었다. 조사청은 A법인 대표이사 D씨의 가족 주주에 대해 주식 명의신탁 혐의로 주식변동조사를 실시하고 증여세 수십억원을 고지 결정(2018년 귀속)했다.  D씨는 이의신청 및 심판청구를 했으나 기각됐고 행정소송은 진행 중이다.

 

과세관청은 조세채권 확보를 위해 증여세 과세금액에 상당하는 비상장주식과 D씨의 급여에  대한 압류를 통지했다. 

 

D씨는 과세관청이 증여세 과세금액에 상당하는 비상장주식을 압류했는데도 급여를 압류하는 것은 과다한 행정처분이라며 불복절차(행정소송) 종료 시까지 급여채권의 압류해제를 요청했다. 

 

그러나 조사청은 비상장 주식 평가금액은 충분하나 환가성이 부족해 조세채권의 일실 우려가 있고, 법령에 의한 최저 생계비 등을 고려한 급여압류는 정당한 행정처분이라며 압류 해제를 할 수 없다고 통보했다. 

 

그러나 지방청 납세자보호위원회 판단은 달랐다. 증여세 과세근원인 쟁점주식을 압류해 조세채권은 충분히 확보됐으므로, 불복절차 종료 시까지 고충민원인의 생계를 위해 급여에 대한 추가 압류을 중지하는 것이 타당하다는 것이다.

 

 

조사청은 A법인 대표이사 E씨가 비상장주식을 시가보다 높은 가격에 양도한 것으로 보고 증여세 세무조사를 40일간 실시했다. E씨는 업무상 장기 출장이 많아, 정상적인 세무조사 수행을 위해 세무대리인을 선임하고 조사청의 자료제출 요구에 따라 자료 제출을 완료했다.

 

조사청은 매매가격 결정의 구체적 과정, 요청인의 주식매수법인 등과 특수관계 여부를 확인하기 위해 2차례 출석요구했으나, E씨가 이에 불응하자 조사기피 또는 조사거부 사유로 조사중지 통보(중지기간 90일)했다. 

 

국세청 납세자보호위원회는 세무대리인을 통해 정상적인 세무조사 수행이 가능함에도 요청인이 출석요구에 응하지 않았다는 이유만으로 세무조사를 중지한 것은 위법하다며 세무조사 중지 위법 통지했다.