2001년부터 금융소득 종합과세 재실시로 장기채권 등의 범위를 조정, 채권 수익증권은 발행일로부터 최종상환일까지의 기간이 5년이상인 것. 예금 적금은 저축계약일로부터 만기일까지 기간이 5년이상인 것.(5년이내 해지하지 않을 것)
장기채권 등에 대해 분리과세를 받고자 하는 자는 이자 지급시까지 원천징수의무자에게 `분리과세신청서'를 제출해야 한다. 분리과세 신청 이자소득에 대하여는 소득자료의 국세청 통보에서 제외했다.(2001.1.1이후 소득발생분부터 적용)
7년이상의 저축성 보험차익에 대해서는 비과세하기로 했다.(2001.1.1이후 계약분부터 적용, 2000.12.31이전 계약분은 만기일 또는 중도해지일까지의 기간이 5년이상인 경우 비과세)
대주주의 주식양도차익 과세범위를 지분율 3%이상으로 확대, 시가 총액기준 1백억원이상을 추가했다. 대주주는 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도말 기준으로 판단하고 사업연도중 주식취득으로 지분율 3%(취득일 기준)이상 보유하게 된 자도 사업연도말까지 대주주로 본다. 1주의 양도에 대해서도 과세키로 했다.(2000.1.1이후 최초로 양도하는 분부터 적용)
다만, '99.1.1부터 '99.12.31까지의 기간중에 양도한 주식 등으로서 그 양도일로부터 3년내에 양도하는 주식 등의 합계액이 1%이상에 해당하게 되는 경우 당해 주식 등에 대한 양도소득세 과세는 종전 규정을 적용한다.
부동산양도 신고대상 고급주택의 기준을 시지역의 경우 단독주택은 주택연면적 80평이상 또는 부수토지의 연면적 1백50평이상, 공동주택은 전용면적 50평이상을 적용키로 했다. 읍·면지역은 면적기준 및 가액기준(6억원)을 모두 적용키로 했다.(2000.1.1이후 최초로 양도하는 분부터 적용)
직계존비속을 동거봉양하기 위해 세대를 합치거나 혼인으로 인해 1세대가 2주택을 보유하게 된 경우 비과세요건을 2년으로 연장했다. 또 양도일에 2주택 모두 3년이상 보유에 해당한 경우 먼저 양도하는 주택을 비과세키로 했다.(2000.1.1이후 최초로 양도하는 분부터 적용)
감면분에 대한 배당세액공제에서 그로스-업 적용배제 대상법인을 증권투자회사 자산유동화회사 외국투자법인 지방이전법인으로 정했다.
일시적 문예창작소득에 대한 필요경비의 범위를 수입금액의 80%로 상향조정 했다.(2000.1.1이후 최초로 발생하는 소득분부터 적용)
비과세되는 주택임대소득의 범위를 1주택 보유자의 주택임대 소득과 2주택(1주택이상이 국민주택규모이하인 경우에 한함)보유자의 주택임대소득으로 정했다. 직계존비속간의 주택을 무상 사용케 하는 경우 부당행위 계산부인 적용을 배제토록 했다.(2000.1.1이후 소득발생분부터 적용)
전세금에 대한 간주임대료 적용 과세규정을 삭제했다.(2001.1.1이후 소득발생분부터 적용)
종업원에게 제공되는 사택의 이용소득에 대한 비과세 범위에 사업주가 소유하는 사택과 임차사택도 인정했다. 그러나 임차사택은 사업주가 건물주와 직접계약하고 전세금을 전액부담하거나 임대차계약기간중에 입주종업원이 전근·퇴직하는 경우 다른 종업원이 입주해야 한다.(2000.1.1이후 소득발생분부터 적용)
퇴직신탁의 이익에 대해서도 원천징수를 면제했다.(2000.1.1이후 소득발생분부터 적용)
해외투자 수익증권에 대한 유가증권 양도차손익 비과세 대상에 국외에서 발행된 외화표시 유가증권을 국외에서 매매하는 경우의 당해 유가증권도 추가했다.(2000.1.1이후 소득발생분부터 적용)
비거주자 또는 국내사업장이 없는 외국법인이 주식을 양도하는 경우 상장주식이나 협회등록주식을 25%미만 소유시 상호면세하던 것을 무조건 면세토록 했다.(2000.1.1이후 최초로 양도하는 분부터 적용)
