서울행정법원 "추계조사로 과세관청이 입증해야"

과세당국이 기업 매출액은 정상으로 인정하면서도 매입비용은 전액 부인해 법인세를 매긴 것은 위법하다는 법원 판단이 나왔다.

서울행정법원은 23일 서울행정법원 제2부가 4월17일 A법인이 관악세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소 소송에서 원고 승소 판결을 내린 사례를 주요 판결로 공개했다.

A법인은 2020년 중고 휴대폰을 매입해 국내외에 판매했다. 서울지방국세청은 2021년 9월부터 2022년 5월까지 A법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하고, A법인이 2020년 하반기에 23개 매입처들로부터 실물 거래 없이 총 21억9천만원 상당의 허위 세금계산서를 수취한 것으로 판단하고 관악세무서에 통보했다.

관악세무서장은 A법인이 이 허위 세금계산서의 매입액을 법인세법상 매출원가로 처리한 부분을 부인하고, 약 6억5천만원(가산세 포함)의 법인세를 부과했다. A법인은 이에 불복해 행정소송을 제기했다. 

A법인은 세무당국이 수출신고필증, 국내거래명세서 등을 근거로 신고한 중고 휴대폰 매출액은 정상적인 수입금액으로 인정하면서, 이에 대응하는 중고 핸드폰 구입금액인 매입 원가를 전액 필요경비로 인정하지 않은 것은 부당하다고 주장했다.

그러면서 법인세법상 장부나 그 밖의 증명서류로 소득금액을 계산할 수 없을 때는 추계과세 방식을 적용할 수 있도록 규정하고 있으므로, 매출액이 인정되는 이상 그에 상응하는 매출원가 또한 추계조사로 산정해 소득금액을 계산해야 한다고 했다.

법원은 A사의 주장을 받아들였다. 재판부는 “각 휴대전화에 부여되는 고유식별번호인 IMEI을 통해 매출과 매입원가를 1대 1로 대응시킬 수 있다”며 “경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 경우에 있어서는 납세의무자의 증명이 없거나 불충실하다고 하여 필요경비를 ‘0’으로 보는 것은 경험칙에 반한다”고 판단했다.

또한 “실지조사를 통해 휴대폰 매출액을 수입금액으로 인정했으나 그에 대응하는 필요경비 즉 매출원가에 대해 증빙서류가 없거나 중요부분이 허위로 기재돼 신뢰성이 없는 때에는 추계조사 방법에 의해 산정이 가능한 범위내에서 과세관청이 그 금액을 입증해야 한다”며 법인세 6억 5014만원의 경정처분을 취소했다.