관세사들의 통관수수료 세금계산서 발행을 놓고, 관세청은 유관기관과의 협의를 등한시하고 있고 국세청은 제때에 유권해석을 내놓지 않고 있다는 지적이 제기됐다.

28일 국회 기획재정위원회 윤호중 의원(민주당)은 관세청 국정감사 자료를 통해, 수출입신고 대행 통관수수료에 대해 세금계산서 발행시 ‘공급받는 자’가 화주나 운송주선업자로 제각각이어서 업계에 혼란을 가중시키고 있다고 밝혔다.

세금계산서는 부가가치세법 제32조(세금계산서 등)의 규정에 따라 재화 또는 용역을 공급하는 자가 공급받는 자에게 발급한다.

이와 관련 관세청은 최근 관세사들이 수출입신고를 대행하고 청구하는 통관수수료에 대해 부가가치세법상 실제 공급받는 자를 화주로 해 세금계산서를 발급하도록 지침을 시달했다.

그러나 국제물류주선업협회는 운송주선업자들이 화주로부터 일괄 물류 주선 위탁을 받아 관세사에게 수출입 통관을 의뢰하는 것에 대해서는 공급받는 자를 운송주선업자로 해 세금계산서를 발급해야 한다고 판단, 지난 5월3일 국세청에 이에 대한 유권해석을 의뢰했다.

국세청의 유권해석은 5개월이 지난 현재까지 나오지 않고 있는 것으로 알려졌다.

이에 따라 운송주선업자를 공급받는 자로 해 세금계산서를 발급해 줄 것을 관세사에게 요구할 경우, 일부는 관세청의 지침을 들어 거절하고 있고, 일부는 기존과 같이 운송주선업자에게 세금계산서를 발급해 주고 있는 실정이라는 것이다.

윤 의원은 둘 중 하나는 부가가치세법을 위반하고 있는 것으로, 국세청의 유권해석에 따라 가산세 및 매입세액 불공제 대상이 된다고 지적했다.

윤 의원은 "국세청의 유권해석이 지연되면 될수록 시장의 혼란은 더욱 가중될 것이며 가산세, 매입세액 추징 등으로 인한 업체의 피해는 더욱 커지게 될 것"이라며 "국제물류주선업협회의 질의에 대한 국세청의 빠른 유권해석이 절실히 요구된다"고 밝혔다.

아울러 "시장에 큰 변화가 예상될 만한 사항인데 최소한 지침을 내리기 전에 국세청에 미리 업무협조를 구하거나 유권해석을 받은 뒤에 했어야 했다"며 "관세당국으로서 무책임한 일"이라고 강력 비판했다.

백운찬 관세청장은 이와 관련 "화주에게 하는 게 원칙이다"면서 "국세청과 기관간 협조를 통해 정리하겠다"고 밝혔다.