국세청은 연결납세방식 적용시 이월결손금 공제와 관련, 연결사업연도의 개시일 전 10년 이내 연결사업연도의 결손금은 연결사업연도 소득 범위에서 공제한다고 밝혔다.

국세청은 그러나 특수한 경우는 결손금 공제를 제한한다고 밝혔다.

□ 특수한 경우 결손금 공제 제한(법인세법§76의13③)
①연결납세방식 적용 전에 발생한 결손금 : 해당 법인의 연결소득 개별귀속액에서 공제한다. 개별귀속액은 (연결집단의 각 연결사업연도의 소득금액×해당 법인 소득금액/연결집단의 소득금액)이다.

②연결모법인이 다른 법인을 합병 또는 분할 합병한 경우 : 피합병법인(소멸한 분할법인)으로부터 승계한 이월결손금은 승계한 사업부분의 소득금액에서 공제한다.

③연결모법인이 다른 법인을 합병(분할합병)후 5년내 발생한 연결모법인의 결손금 중 승계한 사업부분 결손금 : 연결모법인의 연결소득 개별귀속액에서 공제(타 연결법인의 소득과 합산 불가)한다.

④지분취득으로 완전자회사가 된 법인의 결손금으로 5년 내에 발생한 연결자법인의 결손금 : 해당 연결법인의 연결소득 개별귀속액에서 공제(타 연결법인의 소득과 합산 불가)한다.