이 대목에서는 목적세의 시한을 연장하는 문제 등에 대한 다양한 의견이 제시됐다.
곽태원 교수는 “교육세를 통해 조달하기보다는 일반재정으로 조달할 필요가 있다”면서 “부담과 편익이 연결될 수 있도록 지방자치와 교육자치를 통합하여 수익자가 부담하는 방안이 바람직하다”고 교육세개편안에 반대입장을 분명히 했다.

박시룡 부국장도 “목적세는 비효율적으로 사용될 수 있고, 도덕적 해이도 발생할 소지가 있으므로 바람직하지 않다”면서 “공교육에 대한 국민의 불신으로 공교육비는 공교육비대로 부담하고, 사교육비는 사교육비대로 부담하는 문제가 있으므로 교육세의 지출내역을 밝힐 필요가 있다”고 지적했다.

박영준 부회장은 “목적세는 수지관계가 명확해야 하나 현실적으로 곤란하고, 과세체계를 복잡하게 하는 문제가 있으나, 폐지할 경우 재정에 큰 충격을 주므로 의견표시를 보류하겠다”고 말했다.

신영섭 논설위원은 “목적세는 거두어 쓰기만 하지 쓴 내역을 모른다”고 부정적인 견해를 피력했다.

하승수 변호사도 “교육세는 본세로 통합하고, 교육재정 확보는 일반회계를 잘 운용하고 그간의 낭비적 부분들을 효율적으로 운용해 확충할 필요가 있다”면서 교육세의 확대·연장에 반대했다.

이같은 부정적인 견해가 주류를 이루자 김진표 세제실장은 “당초 교육세를 폐지하고 본세에 흡수하려 했으나 교육재정 확충에 관한 공감대가 형성되어 있어 이를 합리적으로 개선하는 방향으로 운용하기로 했다”면서 “지방세분 교육세를 지방교육세로 전환하고 탄력세율을 허용하여 교육자치단체와 지방자치단체간 긴밀한 협조아래 자치단체간 경쟁을 통해 교육재정을 확충하도록 하겠다”고 밝혔다.

김 실장은 또 “조세체계 간소화는 계속 추진하고 있다”면서 “금년에 자산재평가세 및 전화세를 폐지하고 내년에 교통세를 폐지하며 농어촌특별세는 2002년말에 폐지할 방침”이라고 말했다.