상장법인 대주주 양도세 부과와 관련해 특수관계인의 지분이 합산되지 않아 과세대상에서 누락되는 일이 없도록 하라는 감사원 지적에도 불구하고 과세당국이 같은 실수를 되풀이 한 것으로 드러났다.

29일 감사원이 공개한 '취약 세무분야 관리실태' 감사 결과에 따르면, 국세청은 상장주식에 대한 양도소득세를 부과하면서 대주주와 가족 등 특수관계인의 주식을 합산하지 않아 14명으로부터 양도소득세 69억8천여만원을 징수하지 못했다.

소득세법 및 국세기본법 시행령 등에 따르면, 대주주 주식의 시가총액이 100억원 이상이거나 지분율 3％ 이상인 경우 주주 및 특수관계인이 주식을 양도하면 그 소득에 대해 20%의 세율을 적용해 양도세를 신고납부토록 하고 있다.

국세청은 상장주식 양도소득 과세대상이 되는 대주주는 특수관계인이 보유하고 있는 지분을 합산해 판단하도록 돼 있는데도 주주 1인이 보유하고 있는 주식시가총액 및 지분율을 기준으로 대주주 요건 80%를 충족하는 납세자를 기획점검 대상자로 선정하고 있었다.

그 결과 국세청은 모 상장법인의 주주가 2명의 자녀에게 3천598주와 4천360주를 양도했고 이들 자녀의 배우자 주식까지 합하면 시가총액이 115억여원에 달하는데도 1인 기준 시가총액이 50억원에 미달한다며 점검대상에서 제외해 18억여원의 양도소득세를 부과하지 못했다.

같은 양태로 특수관계인 주식을 합산하면 대주주 요건을 충족하는 14명이 점검 대상에서 누락돼 양도소득세 등 69억8천600여만원을 징수하지 않은 것으로 감사결과 밝혀졌다.

이에 감사원은 대주주 기획점검시 특수관계인 주식을 합산해 대주주가 되는 납세자가 점검대상에서 누락되는 일이 없도록 점검대상자 선정기준을 개선하고, 친인척정보자료 등을 활용해 특수관계인에 해당하는 납세자의 주식보유현황을 일괄조회할 수 있는 시스템을 구축하라고 통보했다.