내년부터 기업간 합병시 합병법인이 보유한 결손금을 합병후에 이월공제할 때는 합병법인이 본래 영위하던 사업에서 발생한 소득에서만 허용된다. 

기획재정부는 2008년 세제개편안에 포함되지 않은 일부 내용을 16일 추가 발표했다.

개편안에 따르면 내년부터는 합병당시 합병법인 또는 피합병법인이 보유한 결손금을 합병 후 이월공제시에는, 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득에서는 공제가 불가능하다. 

또 지금까지는 이월결손금 공제를 목적으로 결손법인이 흑자법인을 합병하는 역합병의 경우 결손금 공제를 제한했으나, 내년부터는 역합병에 대한 결손금 공제 제한이 폐지된다.

기업 합병시 이월결손금 공제제도가 이처럼 개선됨에 따라 내년부터는 결손법인이 흑자법인을 합병하는 역합병이 사라지게 될 전망이다.

개편안은 이와 함께 합명회사 등 기존법인이 동업기업으로 전환하면서 동업기업 과세특례를 선택할 때 준 청산소득에 대해 법인세를 과세하기로 했다.

이에 따라 기존법인이 동업기업으로 전환할 때, 과세표준은 해산시 과세되는 청산소득에 준해 계산하고, 신고납부의무는 동업기업이 지게 된다.

기획재정부는 흑자법인의 결손법인 합병, 결손법인의 흑자법인 합병 등 합병형태에 관계없이 결손금 공제범위가 동일하도록 보완했으며, 동업기업 과세특례 적용시 과세체계가 근본적으로 달라지는 점을 감안해 기존에 법인세가 과세되지 않은 유보소득에 대한 과세문제를 정리했다고 설명했다.