종전주택 앞서 신규주택 소유권 이전…2주택 상황서 세대전입 요건 미충족
조세심판원, 양도인 특별한 사정·투기목적 없으면 '비과세 대상'

잔금 청산 전에 주택 소유권 이전등기를 완료함에 따라 1세대 2주택이 됐으나, 양도인의 특별한 사정 등을 감안하면 1세대 1주택으로 보아야 한다는 심판결정이 내려졌다.
조세심판원은 조정대상지역내 종전주택을 양도하면서 같은 조정대상지역내 신규주택 전입요건을 불충족해 1세대 1주택 비과세 적용을 배제한 과세관청의 처분을 취소하는 심판결정문(조심 2025중 0127)을 최근 공개했다.
조세심판원에 따르면, 청구인 A씨는 2018년 9월28일 조정대상지역인 화성시 소재 주택을 취득한 후 2년여 뒤인 2021년 3월1일 화성시 소재 신규주택을 매수하는 계약을 체결했다.
매매계약서 체결 당시 잔금청산일은 종전주택 잔금청산일과 동일한 4월30일로 약정했으나, 신규주택 공동매도인 가운데 한 명인 B가 “자신의 자매와 상속재산 등을 이유로 법적 다툼을 진행 중인 탓에 가압류가 될 수 있느니 잔금청산일보다 먼저 소유권 이전등기를 경료할 것”을 지속적으로 부탁했다.
A씨는 수차례의 거절에도 불이익이 없을 것이라는 B의 말을 믿고 결국 3월8일 소유권 이전등기를 접수했으며, 종전주택은 4월30일에 양도하고, 신규주택의 잔금청산은 5월10일에 했다.
문제는 A씨가 종전주택에서 퇴거하면서 신규주택에 전입신고를 하지 않고, 충북 청주시로 주소를 이전하면서 불거졌다.
과세관청은 신규주택 취득일을 소유권 이전등기일인 3월8일로 판정했으며, A씨가 신규주택을 취득한 후 2주택 상태에서 조정대상지역에 위치한 종전주택을 양도하면서 비과세 요건을 충족하지 못했다고 보아 2024년 9월 양도소득세를 경정·고지했다.
이와 관련, 현행 소득세법시행령 제155조 제1항에서는 조정대상지역에 있는 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조정대상지역에 있는 다른 주택을 취득해 일시적으로 2주택이 된 경우 종전주택 양도시 일시적 1세대 2주택 비과세 대상 요건을 적시하고 있다.
이에 따르면, 종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규주택을 취득하고, 신규주택 취득일로부터 1년 이내 해당 주택으로 세대전원이 이사하고 전입신고를 해야 한다.
A씨의 경우 B씨의 요청으로 인해 신규주택 소유권 이전등기를 완료함에 따라 약 54일간 2주택에 상태에 놓이게 됐고, 신규주택으로 세대를 전입하지 않고 청주시로 주소지를 두게 됨에 따라 비과세가 배제된 셈이다.
이에 반발한 A씨는 자신은 투기목적이 없고 신규주택 매도자의 민사소송에 따른 계약이행 불확실성 등으로 인해 잔금청산 전에 등기접수를 한 특별한 사정이 있는 만큼 종전주택의 양도는 1세대 1주택 비과세대상으로 보아야 한다고 조세심판원의 문을 두드렸다.
조세심판원은 A씨의 손을 들어줘, 1세대 1주택 비과세 입법취지를 살펴 판정할 필요가 있다고 판단했다.
조세심판원은 “주택거래가 당초에 약정하지 않은 내용으로 불가피하게 변경됨으로써 투기 목적이 없이 사회통념상 짧은 기간 동안 일시적인 2주택 상태가 된 경우에는 거래당사자들 사이의 관계, 거래의 목적과 내용, 일시적 2주택에 해당하게 된 경위 및 불가피성 등을 종합적으로 고려해야 한다”고 적시했다.
이어 “기존 매매계약서에 있는 종전·신규주택의 양도·양수일을 보면 1세대 1주택 상태에서 종전주택을 양도할 계획으로 보이고, 소유권 이전등기 또한 불가피성이 인정된다”며, “종전주택 잔금청산 후에 신규주택의 잔금을 지급한 점에 비춰 1세대 2주택 양도로 볼 수 없다”고 심판결정했다.