(2) 차별과세의 타당성이 불명확한 점에 대하여
 
공익사업으로 양도된 토지에 대해 비사업용 토지에서 제외하도록 규정한 취지는 공공사업에 제공된 토지의 공익적 사용에 대한 보상적 의미와 토지소유자의 의지와 상관없이 비사업용 토지를 사업용으로 사용할 기회를 박탈했으므로 부득이한 사유의 하나로 보아 비사업용토지에서 제외한 것으로 이해된다.

그렇다면 2006.12.31 이전에 사업인정고시된 지역의 토지에 대해서는 2007.1.1 이후에 양도를 하더라도 비사업용토지에서 제외되는 반면에 2007.1.1 이후 사업인정고시된 지역의 토지에 대해서는 비사업용토지에서 제외되지 않아 중과세적용을 받도록 규정한 것은 형평성의 원칙에도 어긋난다고 볼 수 있다.

공익사업목적에 공하는 토지를 2006.12.31 이전까지 양도하도록 유도하기 위해서라면 양도일 기준으로 적용요건을 규정하고 있어야 할 것이므로 사업인정고시일을 기준으로 한 것은 일정기한까지 양도를 유도하기 위한 목적이라 할 수도 없다.

단지 2006.12.31 이전에 사업인정고시를 받은 지역의 토지는 2006년도에 양도를 하든 2007년 이후에 양도를 하든지 차별을 두지 않기 위한 규정이라는 점에 대해서는 수긍이 간다.

문제는 사업인정고시일을 기준으로 2006.12.31 이전까지는 비사업용토지에서 제외하는데 그 이후에 사업인정고시를 한 경우에는 제외규정을 적용받을 수 없는지에 대한 타당한 이유가 불분명하다는 것이다. 물론 입법정책상 자의적으로 규율을 할 수는 있다. 그러나 조세의 기본원리는 형평성의 원칙과 공평성의 원칙이 기본원리로 작용하고 있으므로 차별과세를 하기 위해서는 그에 상응하는 타당한 차별과세의 목적이 있어야 할 것이다.

사업인정고시는 사업시행자의 사업시행절차에 따라 고시일이 결정되므로 사업시행지구 내의 토지소유자의 의지와는 아무런 상관도 없다. 어느 사업시행대상 토지는 사업시행절차가 빨리 이루어져서 2006.12.31 이전에 사업인정고시를 받아 혜택을 받을 수 있는 반면에 사업시행이 지연되거나 이후에 사업계획이 수립된 지역은 혜택을 받을 수 없도록 한 현행 규정은 차별과세를 해야 할 타당한 사유가 없으므로 형평성이 어긋난 규정이라 아니할 수 없다.

특히 공익사업용으로 양도하는 토지에 대해서 공익목적으로 사용되는 공익성과 사업용으로 사용할 기회를 박탈한 데에 대한 부득이한 사유로 비사업용토지에서 제외를 한 것이라면 2006.12.31 이전에 사업인정고시를 받은 경우로 한정할 필요가 없다고 판단된다.

(3) 협의 매수 또는 수용되는 시기를 지연시켜야 오히려 유리한 점
 
 사업시행지구 또는 구역으로 지정되기 이전에 취득한 토지의 경우 소득세법 제104조의3 제2항 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호의 규정(토지를 취득 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지의 경우 사용이 금지 또는 제한된 기간을 사업용으로 사용한 기간으로 의제함)에 따라 사업지구 또는 구역의 지정일부터는 사업용으로 사용한 기간으로 의제된다.

따라서 비사업용토지가 사업시행지구 또는 구역으로 지정된 후 2년이 경과해 협의매수 또는 수용되는 경우에는 비사업용토지에서 제외되는 반면에 2년이 경과되기 이전에 협의 매수 또는 수용되면 비사업용토지에 해당되는 것이다. 그렇다면 사업시행지구 또는 구역안의 비사업용토지의 소유자들은 지구 또는 구역의 지정일로부터 2년이 경과한 날 이후에 협의 매도하거나 수용을 당하려고 할 것이다.

공익사업을 위해서는 토지 양도시기를 최대한 앞으로 당겨야 함에도 불구하고 토지 소유자의 입장에서는 양도소득세의 중과세를 피하기 위해서 양도시기를 최대한 지연시켜야 하는 모순이 발생한다.

현재 서울특별시 송파구와 성남시 일대에 조성되는 송파신도시(장지지구를 말함)의 경우 2006년 7월에 사업시행지구로 지정이 되었으나 사업인정고시는 2007년 말에 고시될 예정이라고 한다. 이 지구에 소재하는 비사업용토지에 해당되는 토지를 소유한 경우 2008년 7월 이전에 협의매수 또는 수용되는 토지는 비사업용토지로 중과세를 받아야 하는 반면, 2008년 7월을 경과해 협의매수 또는 수용되는 토지는 사업시행지구로 지정한 날로부터 2년이 지나 양도하게 되므로 비사업용토지에서 제외돼 일반세율을 적용받게 된다.

공익사업을 위해 정부시책에 순응하여 사업지구 내 토지를 일찍 양도한 토지소유자는 비사업용토지로 중과세를 받고 정부시책에 불응해 양도시기를 늦춘 토지소유자는 중과세를 피할 수 있다면 어느 누가 정부시책에 순응할 것인가 의문이 생긴다.

더욱이 사업시행지구로 지정된 이후 사업시행절차를 최대한 단축하여 2년 안에 사업인정고시를 받고 협의 매수에 불응한 토지에 대해서 수용절차를 거쳐 양도된 토지는 비사업용토지로 중과세를 적용받고, 사업시행절차가 지연되어 2년이 지난 다음에 협의매수 또는 수용되는 토지는 중과세를 적용받지 않게 된다면 사업시행기간의 장·단에 따라 중과세 여부가 달라지게 되는 중대한 모순이 발생하는 것으로 이는 납세자 권익의 중대한 침해라 할 수 있다.

위에서 살펴본 것처럼 공익사업의 원활한 수행을 위해서나 차별과세를 하여야 할 타당성이 불명확한 점, 양도시기를 오히려 늦춘 경우가 유리하게 적용되는 점 등에 비추어 공익사업목적으로 양도하는 토지에 대해서는 사업인정고시일에 불구하고 모두 비사업용토지에서 제외함이 타당하다 할 것이다.

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