6. 공익사업용 토지에 대한 특례규정의 미비

비사업용 토지를 판정함에 있어서 7가지 유형에 대해서는 무조건 비사업용 토지에서 제외하도록 규정하고 있다.

그 중에 하나로 '공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률' 및 기타의 법률에 의하여 협의 매수 또는 수용되는 토지로서 2006.12.31까지 사업인정고시된 지역의 토지를 열거하고 있다.

이 규정의 취지는 공익사업의 원활한 수행을 위해 비사업용 토지에서 제외한 것으로 이해된다. 그런데 이 규정은 공익사업용으로 협의 매수 또는 수용되는 경우라고 하더라도 2006.12.31 이전에 사업인정고시된 지역의 토지에 한하여 적용된다. 따라서 2007.1.1 이후에 사업인정고시된 지역의 토지에 대해서는 적용대상이 아니므로 비사업용 토지에 해당될 경우 중과세를 피할 수 없다.

이는 다음과 같이 공익사업의 원활한 수행을 저해한다는 점과 차별과세의 타당성이 불명확한 점, 협의 매수 또는 수용되는 시기를 지연시키는 경우가 유리한 점 등에 비추어 문제가 있는 규정이라 판단된다. 

(1) 공익사업의 원활한 수행을 저해한다는 점에 대해서

정부는 수도권의 주택공급을 확대하기 위해 서울 인근 여러 곳에 신도시를 건설할 예정이다. 또한 정부는 전국에 혁신도시를 건설하기 위해 김천시 등 6개 지역 776만평 규모에 대하여 지구지정을 끝내고 개발사업에 착수할 예정이다.

신도시 또는 혁신도시 건설을 위해 환지방식이 아니고 수용방식 등 공영개발방식으로 사업을 진행하는 경우에는 사업지구 내 토지를 매수하여야 한다. 대부분의 사업시행지구에서 가장 어려움을 겪고 있는 것이 토지소유자들과의 협의 과정인데 협의과정의 핵심은 보상가액이라고 할 수 있다. 한 푼이라도 더 받으려는 토지소유자들과 사업비 및 전체지가에 미치는 영향 등을 고려하여 토지소유자들의 요구를 들어줄 수 없는 사업시행자간의 갈등을 얼마나 빨리 해결하는가가 사업시행의 가장 큰 난제이다.

사업시행대상 지역의 토지 중 비사업용에 해당하는 토지가 어느 정도인지 확인된 자료는 없지만 비사업용 토지에 해당하는 토지소유자들이 과연 현재의 양도소득세 중과세율을 감당하면서 협의에 응할 수 있을지 의문이다.

물론 협의매수가 안 되는 경우 해당법률에 따라 수용을 하면 사업 시행은 가능하겠지만 토지소유자들과의 마찰이 심할 경우 사업시행기간은 지연될 수밖에 없다.

이는 지정지역에 대한 실지거래가액 과세의 도입 초기에도 경험한 바가 있다.  2003.1.1부터 지정지역제도를 도입하여 지정지역으로 지정된 지역 내의 토지에 대해서는 실지거래가액으로 과세를 하여 왔으나, 공익사업용으로 수용하면서 기준시가적용을 배제하고 실지거래가액으로 과세하게 되자 양도소득세부담이 급격히 증가하게 되었다. 이에 공익사업용으로 수용하면서 실지거래가액으로 양도소득세를 과세함에 따라 토지소유자들의 반발이 심해지면서 사업 시행이 지연되었고 결국 정부는 조세특례제한법 제85조를 신설하여 2004.1.1 이후 양도하는 것에 대해서는 지정지역으로 지정된 경우에도 공익사업용 부동산에 대하여는 기준시가를 적용할 수 있도록 시행한 바가 있다.

기준시가 과세를 실지거래가액으로 전환하여 세부담이 늘어난 것만으로도 사업시행에 지장을 초래하였는데 중과세까지 적용하여 양도차익의 66%를 중과세한다고 하면 사업시행은 더욱 곤란할 것으로 예상된다.