단순하게 생산자물가지수만을 대비하더라도 66.5%의 가격상승이 있는 바, 일반적으로 지금까지 부동산의 가격상승률은 일반 물가의 상승률을 상회하는 것으로 계측되고 있는데 이러한 점을 배제하고 단순히 생산자물가지수에 해당하는 가격상승만이 있다고 하더라도 이에 해당하는 명목소득은 과세에서 당연히 제외되어야 할 것이다.
그러하지 아니할 경우 조세이론에서 금기시하는 자본과징인 원본과세가 이루어지게 된다. 장기보유특별공제가 단순히 장기보유자산에 대한 세부담의 완화만을 목적으로 하지 않고 물가상승에 대한 명목소득의 과세에서 제외하는 측면까지 고려하여 도입된 제도라는 점에 비추어 볼 때 부동산투기에 대한 징벌적 과세를 위해 장기보유특별공제의 적용을 배제하는 것은 조세이론을 일탈한 규정이라는 비판을 받을 수 있다.
4. 동결효과에 대한 문제
부동산투기 수요를 막기 위해 도입된 강도 높은 중과세 조세정책이 시행되면서 어느 정도 부동산시장의 가격 안정은 가져왔으므로 단순히 부동산가격 안정측면만을 고려한다면 조세정책이 성공하였다고 할 수 있다.
그러나 부동산에 대한 양도소득세는 응능부담원칙이 지켜지면서 부동산 공급의 동결효과가 없어야 한다. 양도소득세가 중과세되는 경우 응능부담원칙을 저해하는 것은 물론 동결효과가 발생하여 결국 부동산시장을 교란시키는 결과를 초래한다.
비사업용토지에 대한 중과세규정이 본격적으로 시행된 2007.1.1. 이후에는 비사업용토지에 해당하는 부동산 거래가 거의 중단되고 있다.
법 시행 전에 정부는 부동산에 대한 수요 자체를 막아서 가격을 인하하는 것을 염두에 두고 중과세 제도를 도입하였으나 이러한 제도의 도입은 일시적으로 그 목적을 달성할 수는 있을 것이다. 그러나 양도소득세가 지나치게 무거우면 소유부동산의 매도를 제약하여 공급을 억제하는 동결효과로 이어져 오히려 부동산의 가격을 상승시킨다는 것이 이미 검증된 이론이므로 단기간에 부동산 가격이 하락하였다고 하더라도 이는 일시적인 효과에 불과한 것이며, 장기적으로 부동산가격의 안정을 유지할 것이라고는 기대하기 어렵다.
동결효과가 아니더라도 더 큰 문제점은 실수요자가 비사업용 토지를 구입하려고 하면 양도인이 비사업용 토지에 부과되는 양도소득세를 부담하지 않고는 매도할 수가 없어서 결국 실수요자가 매수하려는 부동산가격은 중과된 양도소득세만큼의 가격을 추가로 부담할 수밖에 없는 실정이다.
수도권에 있는 아파트 시행사들이 최근 들어 사업 시행을 중단하고 있다는 사실이 언론매체를 통해 자주 보도되고 있다. 분양가상한제가 도입된 이유도 있지만 그보다 더 심각한 것은 땅값 상승으로 용지비가 사업비의 70%에 육박하여 결국 수지타산이 맞지 않기 때문이라고 한다. 용지비의 상승은 사업시행 대상 부지가 대부분 나대지나 잡종지로서 비사업용 토지에 해당되어 66%의 양도소득세와 주민세를 아파트를 건설하고자 하는 시행사에게 대부분 전가하기 때문이라고 한다.
이는 결국 주택공급을 확대하여 주택가격의 안정을 이루려는 정부정책에 역행하는 결과를 초래하여 주택 공급의 감소로 이어지고 이는 향후 주택시장에 있어서 가격상승의 결과를 가져올 것으로 예상되어 진다.
또한 주택공급의 감소는 건설업의 위축을 가져올 것이고 현재 건설업이 우리나라 GDP에서 차지하는 비중이 17%이상 상회하고 있는 점에 비추어 볼 때 경제 전반에 악영향을 미치게 될 것이라는 우려와 마찬가지로 '98년이후 아파트의 미분양 물량이 최고치를 달하고 있는 점은 이러한 우려가 현실로 나타나고 있다 할 것이다.
따라서 부동산투기 수요를 막기 위한 일시적 중과세제도의 채택보다는 이러한 부작용을 미연에 방지할 수 있는 치밀한 조세정책이 펼쳐져야 할 것이다.
5. 취득가액 산정의 문제
'83.1.1부터 2006.12.31까지는 양도소득세 계산을 위한 부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 기준시가 과세원칙을 유지하고 있었다.
토지에 대한 기준시가는 90.8.29까지는 토지시가표준액으로서 토지등급가액을 적용하다가 '90.8.30부터 공시지가제도가 도입되면서 개별공시지가를 적용하고 있다. 토지등급가액은 당시 토지시세의 20∼30% 정도였고, 개별공시지가도 30∼70%의 정도의 금액을 공시해 왔다.
토지등급가액은 '88년도 이후에 과세표준 현실화 정책으로 급격히 상향조정되는 추세였고, 개별공시지가도 점차적으로 과세표준 현실화를 해오던 중 2003년도부터 각종 개발사업에 따른 토지 보상가액에 미치는 영향과 보유세 등을 강화할 목적으로 과세표준 현실화가 급격히 이루어졌다.
양도소득세를 기준시가에 의한 양도차익을 기준으로 과세를 할 당시에는 이러한 토지등급가액 또는 개별공시지가의 급격한 인상으로 인하여 세부담은 늘었지만 대부분 기준시가에 의한 양도차익이 실제 양도차익에 미치지 못했기 때문에 조세마찰은 심하지 아니하였다.
그러나 2007.1.1 이후부터는 모든 부동산의 양도차익을 실지거래가액을 적용하도록 기준시가 과세원칙을 실지거래가액 과세원칙으로 변경하였는 바, 취득당시의 실지거래가액을 입증할 수 있는 거래증빙을 갖추고 있다면 실지 양도차익을 기준으로 과세를 받게 되므로 세부담이 늘었다고 하더라도 근거과세 및 실질과세 측면에서 문제가 없으나 취득당시 실지거래가액을 입증할 수 없는 경우에는 심각한 문제가 발생하게 된다.
