단순한 예로 공장용 부속토지로 사용된 토지라고 하더라도 건축물이 적법한 건물이 아닌 무허가 건물이거나 사용승인이 나지 아니한 건물의 경우에는 비사업용토지에 해당된다. 이에 반해 나대지 및 잡종지를 벽돌 또는 브럭 제조공장으로 사용하거나 일정 업종의 판매사업장으로 사용하는 경우 또는 수입금액이 지가의 일정율을 초과하는 경우에는 비사업용토지에서 제외하고 있다.

지방세법상 불법 건축물에 대해 분리과세 또는 별도합산과세를 하지 아니한 취지는 불법에 따른 불이익을 어느 정도 감수하게 함으로써 적법한 건축물의 건축을 유도할 목적일 것이다. 또한 적법한 건물과 불법의 건물의 경우에 그 정도의 차별은 사회통념에 비추어 보아도 심히 부당하다고는 할 수 없다.

그러나 엄연히 사업용인 생산활동에 제공되고 있는 공장용지를 지상 건축물이 불법 건축물이라는 이유만으로 고율로 중과세하는 것은 적법한 건물과 불법건물에 대한 일반적인 차별의 정도를 지나쳤을 뿐 아니라, 나대지 및 잡종지에서도 일부 업종에 대해서는 사업용 토지로 인정하면서 생산용에 사용한 공장용지는 사업용 토지에서 배제하는 것은 형평성을 상실하였다고 할 것이다.

또한 양도소득세는 소득세의 일종으로서 응능부담의 원칙이 적용된다고 할 것이므로 수직적 공평을 고려하였어야 함에도 과세표준의 많고 적음에 불구하고 고율의 단일세율을 일률적으로 적용한 것은 바람직스럽지 못한 결과를 초래하고 있다.

토지초과이득세법에 대한 위헌심판에서도 헌법재판소는 토지초과이득세율이 고율의 단일비례세율이라는 이유로 불합리한 점을 들어 소득이 많은 납세자와 소득이 적은 납세자 사이의 실질적인 평등을 저해하는 결과를 낳았다고 보아 헌법상 재산권보장규정과 평등조항에 위배된다고 판시한 바가 있다(헌재92헌바49, 1994. 7.29).

따라서 고율의 단일세율 체계를 누진세율 체계로 개정하거나 보유기간별 또는 비사업용토지의 해당기간별로 세율체계를 달리하여 규정하는 개정이 필요하다 하겠다.

3. 장기보유특별공제를 배제함에 따른 명목소득에 대한 과세문제

장기보유특별공제는 장기간에 걸쳐서 형성된 양도소득에 대하여 일률적인 세율을 적용하는 경우 발생되는 장·단기 보유에 따른 세부담의 형평 문제를 완화하고, 단기 양도차익을 얻기 위한 부동산투기가 성행함에 따라 부동산에 대한 장기보유를 유도하고 부동산투기를 억제하기 위하여 1989.1.1 이후 양도하는 토지 및 건물에 대하여 장기보유특별공제 제도를 시행하였다.

한편, 양도소득금액을 계산함에 있어서 인플레이션에 따른 명목소득에 대해서도 소득금액으로 계산되어 실질소득을 초과하는 양도차익을 과세하는 자본과징인 원본과세의 모순을 방지하기 위해 물가상승에 따른 가치의 상승분을 양도차익에서 공제해 주는 양도소득특별공제 제도를 시행하였으나, 1990년대 초반부터 물가가 안정되면서 실질적인 혜택에 비해 세무행정이 복잡하다는 이유로 1995년도 말에 양도소득특별공제 제도를 폐지하고 장기보유특별공제의 대상범위와 공제대상금액을 확대하는 형태로 대체입법하였다.

따라서 장기보유특별공제 제도는 부동산의 장기보유를 유도하는 측면과 물가상승에 따른 명목소득을 양도차익에서 공제해 주는 측면 두 가지를 고려하여 도입된 제도라고 할 수 있다.  

현재 우리나라는 2000년도를 기준으로 각 년도의 생산자물가지수를 공표하는데 부동산의 의제취득일인 1985년 1월 현재의 생산자물가지수는 66.59인 반면 2006년 1월의 생산자물가지수는 110.9인 것으로 나타나고 있다. 이는 단순한 물가지수만으로도 2006년 1월의 물가지수는 1985년 대비하여 166.5% 상승하였다는 것을 말해준다.