또한 2007년1월1일 이후 실지거래가액에 의한 일반세율을 적용하는 경우에 대비하더라도 비사업용 토지로 중과세한 산출세액이 150%∼430% 많게 나타나고 있다.

신뢰침해방법 측면에서 보면 중과세율을 적용함에 있어서 수직적 공평을 고려하지 아니한 채 소득금액의 많고 적음에도 불구하고 고율의 단일세율을 적용하여 부담세액을 계산함은 물론 명목소득에 해당하는 소득금액을 차감하기 위해 도입된 장기보유특별공제액의 적용을 배제하여 실질소득을 초과하여 양도소득세가 과세될 우려가 있는 점, 수십여년동안 비사업용 토지에 해당되었던 토지에 대해서도 사업용으로 사용한 기간이 양도일 직전 3년의 보유기간 중 2년에 불과한 경우에도 비사업용 토지에 대한 중과세를 피할 수 있도록 규정하고 있는 점 등은 과세방식에 있어서 합리적인 차별이라 할 수 없는 것이다.

이에 반해 비사업용 토지에 대한 중과세 규정을 신설함으로써 실현하려는 공익적 목적은 각종 개발사업, 기타 사회·경제적 요인으로 비사업용 토지의 지가가 상승함으로 인하여 그 소유자가 얻은 소득을 조세로 환수함으로써 조세부담의 형평과 지가의 안정 및 토지의 효율적 이용을 기하고 나아가 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위함이라 할 것이다.

그러나 지가의 상승이 비사업용 토지에 한정하여 상승한 것이 아니고 전체 부동산 가격상승의 결과에 기인한 것이라면 인플레이션에 의한 단순 명목소득에도 과세될 위험이 매우 높은 것이다.

또한 보유기간 중의 소득금액을 정확히 계산하기 위해서는 취득 및 양도 당시 실지거래가액이 객관적으로 존재하여야 하는데, 양도 당시 실지거래가액은 비교적 객관적이라 할 수 있다. 관련 증빙 등이 존재하고 현행 부동산 거래 시스템상 실지거래가액으로 신고한 가액들이 누적관리되며, 일방의 양도가액은  거래상대방의 향후 취득가액을 형성한다는 점으로 인하여 담합에 의한 조작 등도 곤란하기 때문이다.

하지만 취득가액은 '83년도부터 시행된 기준시가 과세체계에 익숙한 납세자들이 실지거래가액에 대한 거래 당시의 증빙도 갖추고 있지 않는 경우가 일반적이며, 그나마 국가에서 관리하고 있는 검인계약서들마저도 대다수의 경우 실지거래가액과 달리 거래금액을 낮추어 매매계약서를 재작성(일명 '다운계약서'를 말함)하였기 때문에 일부의 거래금액 이외에는 실지거래가액을 파악 할 수 없는 상황에 있다.

이와 같이 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없다면 현행 소득세법상 기준시가에 의한 환산가액(^양도 당시 실지거래가액×취득 당시 기준시가/양도 당시 기준시가)을 적용하여 양도차익을 산출할 수밖에 없는데 이에 따라 산정된 취득가액이 실지거래가액과 유사하기 위해서는 산정된 기준시가가 거래 당시 시세를 적정하게 반영한 금액이어야 할 것이다.

그러나 환산가액을 계산함에 있어서 적용되는 기준시가 역시 현행 가격결정시스템상 시기별 개별 부동산의 실제시세를 비교적 정확하게 반영하여 산정된 것이 아니기 때문에 결국 불합리한 기준시가가 현실적으로 상당히 많이 산정되고 있으며, 이는 결국 부정확한 기준시가에 의해 취득 당시 환산가액을 계산하여 양도차익을 산정한 경우 산정된 양도차익은 실상 반영을 제대로 했다고 볼 수가 없는 것이다.

결국 기준시가에 의해 환산한 취득가액으로 양도차익을 산정함에 따른 세부담과 실제 양도차익에 따른 세부담이 상당한 차이가 있음에도 불구하고 실제 양도차익을 산정할 수 있는 시스템도 갖추지 못하고 실지거래가액 과세원칙으로 전환하면서, 비사업용토지에 대한 중과세 규정을 동시에 적용함에 따라 부당한 재산권의 침해가 이루어질 가능성이 확률적으로 매우 높다.

반면에 토지의 효율적 이용측면에서 본다면 비사업용 토지를 피하기 위해 일시적으로 사업용토지로 전환하고자 무분별하고 무계획적인 건축이 성행함으로서 오히려 국토가 비효율적으로 이용될 개연성이 높아지고 있다.