○ 파트너십과 관련없는 다른 각 사업연도의 소득과 파트너십으로부터 배분된 각 사업연도의 소득의 계산

한편 법인파트너의 경우 파트너십과 관련없는 다른 각 사업연도의 소득과 파트너십으로부터 배분된 각 사업연도의 소득을 어떻게 계산할지가 논란이 될 수 있음. 전자, 즉 파트너십과 관련없는 다른 각 사업연도의 소득은 각종 필요경비 한도적용이 이루어진 후의 소득이어야 할 것임. 파트너십으로부터 배분된 각 사업연도의 소득은 이미 파트너십 단계에서 배분이 있기 전 필요경비에 대한 계산이 완료되었을 것이므로 법인파트너의 소득으로 되는 경우 별도의 필요경비 한도적용을 하지 않을 것임. 결국 양자의 각 사업연도의 소득은 합산하여 법인파트너의 법인세 각 사업연도의 소득을 계산하여야 할 것임.

이때 법인세법 제14조제1항은 '내국법인의 각 사업연도의 소득'이라고 하고 있어 양자의 각 사업연도의 소득을 포함하는지 논란이 될 수 있음.  내국법인의 각 사업연도의 소득은 '그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액'을 말함(동법 제14조제2항). 파트너십으로부터 배분된 각 사업연도의 소득은 이 개념에 들어간다고 보기 어려울 것으로 보임.

파트너십으로부터 배분된 각 사업연도의 소득이 법인세법 제13조, 제14조의 과세표준과 각 사업연도 소득에 포함될 수 있도록 개정할 필요가 있음. 파트너십으로부터 배분된 각 사업연도의 소득은 일단 종전 파트너십과 관련없는 다른 각 사업연도의 소득과 구별되고 이를 합산하여 계산하는 방식으로 규정하여야 할 것임.

○ 결손금의 문제

파트너십으로부터 배분된 각 사업연도의 소득도 법인파트너의 각 사업연도의 소득에 포함되도록 법인세법을 개정하는 경우 파트너십으로부터 법인파트너가 배분받은 결손금도 파트너십과 관련없는 결손금과 함께 법인세법상 법인의 결손금의 범위에 들어가도록 법인세법을 개정하여야 할 것임.

○ 소득구분의 문제

파트너십과 관련없는 다른 각 사업연도의 소득은 파트너십으로부터 배분된 각 사업연도의 소득과 구별한다고 하더라도 후자의 소득 가운데 소득의 분류는 따로 할 필요가 없음.

현행 안에 따르면 개인파트너의 경우에는 파트너십은 그 소득을 이자소득, 배당소득, 양도소득, 부동산임대소득, 사업소득의 5개의 종류로 구분하여 계산하고 각각의 소득은 그 성격을 유지한 채 파트너에게 분배됨. 그러나 법인파트너의 경우에는 법인 과세시 포괄주의 원칙에 따라 모든 소득을 구별하지 않고 있어 이러한 소득구별을 할 필요는 없음.

(10) 제15조 익금의 범위

파트너십 과세를 선택하지 아니한 법인에 대한 자본의 납입 또는 출자의 납입을 하는 경우에는 현행 법인세법을 적용하면 될 것임. 파트너십 과세를 선택한 법인에 대한 출자의 납입도 법인단계의 소득으로 파악되지 않는다는 점에서 익금불산입되는 특별한 규정을 둘 필요는 없음.

그런데 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액은 원칙적으로 익금산입되어 법인세 과세가 될 것임. 파트너십 과세를 선택한 법인(합명회사, 합자회사 등)의 경우에도 순자산을 증가하는 거래로 인하여 수익이 발생할 수 있을 것이나 이는 법인세 과세를 하기 위해 익금산입되는 것이 아니라 위 법인의 출자자에게 이익이 분배될 수 있도록 회계상 출자자의 재산으로부터 분리되는 계정을 이룰 뿐 그 자체가 법인세 과세대상이 될 것은 아님. 조세특례제한법에서 법인 자산이 증가하였지만 법인세 과세가 되는 익금산입이 되는 것은 아님을 밝힐 필요가 있음.