행정자치부는 무분별한 지방세 감면을 통제하고, 지방재정 운영의 효율성을 높이기 위하여 “조세지출예산제도”를 지방자치단체에 도입하기로 했다.   
조세지출예산제도란 세금감면과 같은 조세지원의 내용과 규모를 예산형식으로 표현하여 의회의 통제를 받게 하는 제도로 미국, 프랑스 등 대부분의 선진국에서 운영하고 있다. 이에 따라 지방자치단체는 매년 지방세 감면 내역을 예산 형식으로 편성하여 지방의회에 제출하게 되고, 지방의회는    조세지출예산을 참고하여 예산편성을 하게 된다.

행정자치부 세제과 담당자는 “지방세지출예산제도가 도입되면 정책별․기능별로 지방세 지원 내역을 한 눈에 파악할 수 있어 재정지원과의 중복    지원을 막고, 의회에서 지방세 지원의 타당성을 검토함으로써 불필요한 지방세 감면이 축소될 수 있을 것으로 기대된다.”고 밝히고, 행자부는 금년도에 지방세 감면의 기능별 분류와 전산시스템을 구축하는 등 지방세지출예산제도 도입준비를 완료하고, ‘06년 일부 지방자치단체의 시범실시를 거쳐 ’07년 부터 전국 지방자치단체에서 지방세지출예산제도를 시행할 예정이라고 한다.