옵션과 선물이 증권거래법에서는 유가증권에 포함되지만, 법인세법에서는 제외돼 있어 증권회사의 경우 옵션과 선물의 매매손익이 매출액에 포함될지 여부가 불확실해 접대비한도에 불이익이 있을 수 있어 개선의 목소리가 일고 있다.

한국경제연구원은 '세법과 기업회계, 상법 및 증권거래법 등과의 합리적인 조화방안'(박정우 서울시립대 교수, 정래용 회계사 공동연구)이라는 연구보고서를 통해 각 법률들의 고유한 목적과 특성을 감안하더라도 이들간에는 상호 명백한 모순이나 충돌 등 불합리한 규정이 적지 않다고 지적했다.

보고서에서 지적한 법률들간의 모순 또는 불합리한 규정에 따르면 가능하면 사전적으로 법률들간의 상호 모순과 불합리한 규정이 제정되는 것을 예방하며 이를 원천적으로 방지할 수 있는 장치를 마련할 것으로 주장했다.

일례로 관련단체들로 구성된 공식적인 위원회에서 쟁점사안의 사전 조정협의 등으로 촉구했다.

무엇보다도 우선 필요한 것은 현행 법률들의 모순 또는 불합리한 규정의 해소노력이 이뤄져야 한다고 지적하면서 앞으로는 적어도 GAAP(기업회계기준서 등)제정이나 세법개정시 연관 조직들과의 협의를 의무화하는 방안을 제안했다.

보고서에 따르면 상법은 상사에 관한 일반법으로서의 성격이 있으나 현행 상법에 규정돼 있는 계산규정은 거의 사문화돼 있으며 세법이나 기업회계를 이끌어 가는 규범으로서의 역할을 수행하지 못하고 있다.

박정우 교수 등은 기업회계법간에 명백한 모순이나 불합리한 규정이 발생하게 된 이유는 각 법률영역이 연관된 타 영역에 대한 이해나 배려가 부족한 데서 오는 측면도 부인할 수 없다고 주장했다.

즉 각 법률영역의 입법목적과 특성에만 집착하거나 고집하는 이기적인 성향에도 이유가 있을 수 있다는 것.

예를 들면, 법인세법과 기업회계 및 상법간에 합병과 분할에 대한 성격규정의 모순이 존재한다는 점이다.

차입금 과다법인(자기자본 4배초과 차입금보유법인)에 대해서는 지급이자를 손금불산입시키고 있으나 회사정리법 등에 의해 정리절차나 구조조정이 진행 중인 기업에까지 동 규정을 적용하는 것은 기업 회생을 가로막는 것이고 부채감소를 유도하는 규정의 취지와도 맞지 않는다는 것.

한편 납세자가 정부에 세금을 늦게 낼 때 부담하는 이자율(연 10.95%)과 과다 납부한 세액에 대해 정부가 늦게 돌려줄 때 부담하는 이자율(연 4.38%)에 대해 전자를 일방적으로 우대하는 것은 부당하다고 개선을 촉구했다.