외국인 투자기업(납세자)이 외국인 투자비율에 따른 법인세 감면을 받기 위해서는 반드시 정해진 기간내에 재경부 장관에게 감면신청을 통해 감면결정을 받아야만 한다.  만약 그렇지 않으면 조세감면을 받을 수 없다는 사실을 이 사건은 시사해 주고 있다.

□ 사실 관계
○원고는 외국인 투자기업으로서 설립자본금 160억원과 '91.9.25. 유상증자 40억원 중 각각 50%를 외국인이 투자했고 외국인 지분을 50%로 한 조세감면을 적용해 법인세를 신고·납부했음.

○이에 대해 피고측은 외국투자가 등이 신규로 감면사업 인가를 받아 사업을 영위하고자 할 경우 또는 증자에 의한 조세감면을 받기 위해서는 조세감면 신청을 해야 했음에도 외국투자 자본금 20억원에 대하여는 감면신청을 하지 아니했음을 확인하고 '97.4.1.∼'98.6.30 귀속 사업연도분 및 '98.7.1.∼'99.6.30. 귀속 사업연도분 법인세 580,717,470원을 2003.4.7자로 경정고지함.

□ 과세 내용
○상 동

□ 쟁점
○조세특례제한법 제121조의2(구 외자도입법 제14조)에 의해 외국인 투자기업이 조세감면을 받기 위해서는 재경부 장관에게 감면신청을 하도록 돼있는 바, 동 감면신청이 협력의무인지 아니면 필요적 감면요건인지 여부.

□ 원고 주장
○舊 외자도입법 제14조제5항의 조세감면 신청에 대한 규정은 납세의무자의 협력의무를 규정하고 있는 훈시규정에 불과하고, 이 사건 증자분에 대해서는 이미 실체법적인 조세감면요건이 충족돼 있음에도, 조세감면 신청이 없었다는 이유로 감면대상으로 보지 아니한 것은 위법함.

□ 소송 수행 내용
○1심법원의 패소판결에 대해 항소제기
- 원고측이 조세감면신청의 주체를 제3자가 아닌 납세의무자로 한 법령의 경우 법문에 '감면신청을 하는 경우에 한해 이를 적용한다'라고 표현돼 있는 경우에만 감면신청을 필요적 면세요건으로 봐야 한다고 주장하면서 대법원 판례 및 헌법재판소 판례를 인용하고 있는 것에 대해

- 소송수행자는 해당 판례를 정밀분석하고 고문변호사의 자문을 받아 원고가 제시한 대법원 판례(2001 두3457)는 이 사건의 경우와 사안이 다른 것이고, 헌법재판소 판례('98 헌바6) 또한 소수의견을 인용한 것뿐이라는 사실을 밝힘.

- 또한 조세감면의 해석은 엄격하게 해야 한다는 대법원 판례(2001 두731)를 찾아 제시함으로써 이 사건처럼 '감면신청' 의무와 더불어 '감면 여부에 대한 통지'절차가 법령에 명문으로 규정돼 있다면 그 문언표현 및 조세법률주의 원칙에 비춰 봐, 감면신청을 해야 조세감면을 받을 수 있다고 적극 변론.

○2심에서의 승소 및 대법원 최종승소 확정돼- 조세법률주의상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건에 관한 규정 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하므로,

- 외국인 투자기업이 외국인의 투자비율에 따른 법인세의 감면을 받기 위해서는 반드시 정해진 기간내에 재경부 장관에게 감면신청을 하여 감면결정을 받아야만 하는 것이며, 그렇지 아니하면 조세감면을 받을 수 없다고 봐야 한다는 고등법원의 판결 및 대법원 판결이 있었음.

□ 판결 요지
○외국인 투자기업이 외국인의 투자비율에 따른 법인세의 감면을 받기 위해서는 반드시 정해진 기간내에 재경부 장관에게 감면신청을 하여 감면결정을 받아야만 하는 것이며, 그렇지 아니하면 조세감면을 받을 수 없다고 봐야 함.

○법 시행령 제14조가 그 신청기한을 당해 외국인 투자기업의 사업개시일이 속하는 소득세 및 법인세의 과세연도 종료일 이전으로 제한하고 있는 것은 합리적이고 상당하다고 인정되므로 모법의 규정취지에 위배된다거나 모법에 명시적 위임규정이 있을 것을 필요로 한다고 할 수 없음.

□ 시사점
소송수행 과정에서 원고측이 기존의 대법원 판례 또는 헌법재판소 판례를 왜곡시켜 원고측에 유리하도록 주장하는 것을 견제할 필요성이 있다. 

또한 조세법규의 해석시 조세법률주의 원칙에 입각해 법문대로 해석해야 하고, 특히 감면요건에 관한 규정 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합되기 때문에 조세감면에 있어 신청절차를 결여한 감면혜택은 배제시키도록 할 필요성이 있다.