한 직원이 첫 직장에 입사해 경리부서에 배치되면 실무적으로 제일 먼저 부딪치는 세법이 부가가치세법이고, 제일 먼저 하게 되는 업무가 세금계산서와 관련된 업무이다. 우리나라에서 상행위를 하는 회사는 원칙적으로 부가가치세법에 따라 거래시마다 세금계산서를 주고받아야 하고, 이렇게 주고받은 세금계산서는 일정 기간별로 합계해 세무서에 신고해야 하며, 이렇게 신고된 자료들은 그 회사의 법인세, 소득세 등의 계산의 기초가 되는 것이므로 회사에선 과세의 근거가 되는 세금계산서의 수수에 꽤 많은 시간과 노력을 들일 수밖에 없다.

이에 국세청이 지난 2001.1월에 '전자적으로 세금계산서를 교부하는 제도에 관한 고시'를 발표하고 관련 세법 개정이 이뤄진 이후, 국내 많은 기업들이 전자세금계산서 관련 사업에 참여하게 됐다.

인터넷을 기반으로 하는 전자세금계산서는 세금계산서와 관련해 발생하는 회사의 비용을 절감해 줄 뿐만 아니라, 세금계산서 수수에 소요되는 시간을 단축해 주며 세금계산서 전달의 확실성을 강화해 주는 효과와 납세자들의 납세비용을 절감하는 효과가 어떤 부분보다 크다고 할 수 있다.

관련업계의 임준규 넷메니아 기획부장은 "전자세금계산서를 도입함에 따라 기업의 비용절감, 업무개선 및 효율성 측면에서 실질적인 효과가 있다는 것은 이미 증명된 사실이다"며 "그러나 아직 시장 확산이 미미한 것은 기존 종이세금계산서에 익숙한 관행 때문으로 이를 타파할 의식 전환이 가장 큰 문제점으로 지적된다"고 밝혔다.

또한 이정회계법인의 임호천 회계사는 "전자세금계산서제도가 시행된지 몇년이 흘렀으나 그 이용률이 미진하고 아직까지도 제자리를 잡지 못하고 있는 것은 세금계산서로 거래 상대방과의 거래를 확인하고 회사 영업자료의 기초를 제공하며, 세무신고 및 회계처리의 기초를 제공하지만 세금계산서는 다른 것으로 가공되기 전에 혼자서는 별다른 기능을 제공할 수 없기 때문이다"며 "개발 제공업체들의 다각적인 서비스가 요구된다"고 밝혔다.

따라서 전자세금계산서의 활성화를 위해서 우선 표준화 문제가 시급하게 이뤄져야 한다. 이와 관련해 지난 2002년에는 전자세금계산서협의회가 산업자원부의 전자상거래협의회 산하로 구성됐지만, 기능의 특화성이 부족하고, 사용자들의 부재에 따라 별다른 진행이 이뤄지지 않고 있다.

예를 들어 A기업에서 보낸 전자세금계산서가 A기업에서는 가공해 사용할 수 있는데 그 세금계산서를 받은 B기업에서는 가공할 수 없는 상태라면 B기업에서는 전자로 세금계산서를 받았다는 것이 별 의미를 갖지 못한다는 것이다.

전자세금계산서의 표준화는 현재 세금계산서의 양식이 정부에 의해 부가가치세법에 그 크기와 모양이 정해져 있어 모든 기업이 그에 따르듯이, 전자세금계산서 또한 그 포맷에 대해서 국세청이나 재경부에서 지정만 해준다면 어렵지 않게 달성할 수 있을 것으로 본다.

또한 국세청의 홈택스서비스를 통한 직·간접적인 홍보로 사용을 유도하는 것은 국세청의 합계표 정산 등 세무행정 전산화의 기틀이 될 것이다.

이렇게 되면 국세청은 납세자들의 납세비용 절감을 지원할 수 있다는 명분과 함께 부가가치세가 갖는 조세저항 또한 어느 정도 감소시키는 효과를 얻을 수 있다.