3.31  거래순이익률법에서 나타나는 또 하나의 문제는 동 방법은 전형적으로 특수관계기업 중 어느 한 당사자에게만 적용된다는 것이다. 재판매가격법과 원가가산법 역시 이런 문제를 갖고 있으므로 이 문제가 거래순이익률법을 다른 방법들과 구별되게 하는 것은 아니다. 그러나 이전가격과 관계없는 많은 요인들이 순이익에 영향을 미치고 거래순이익률법의 신뢰도를 떨어뜨린다는 사실은 `일방측면적 분석'의 문제를 더욱 악화시킨다. 일방측면적 분석은 비교가능성 분석시 특수관계거래로부터 발생하는 다국적기업 그룹의 전체이익을 고려하지 않을 것이다. 일방측면적 분석은 그룹내의 다른 기업들에게 돌아가는 이익이 터무니없이 높거나 낮도록 할 정도의 비합리적인 이익을 다국적기업 그룹내의 한 기업에 귀속시킬 수 있다. 거래에 관련된 여타 당사자의 이익에 어떠한 영향을 미치느냐 하는 것이 거래에 대한 이전가격 책정에 결정적인 요인이 되는 것은 아니지만 결론의 타당성에 대한 점검수단으로 기능할 수 있다.

3.32  거래순이익률법은 대응조정방법에 심각한 어려움을 발생시킬 수 있는데, 특히 이익률로부터 이전가격을 역산하는 것이 가능하지 않는 경우에 더욱 그러하다. 예를 들어 납세자가 특수관계기업들과 구매·판매 양면에 걸쳐 특수관계거래를 하는 경우다. 이 경우 거래순이익률 적용결과 납세자의 이익이 상향조정돼야 한다면 특수관계기업들 중 어느 기업의 이익이 줄어들어야 하는지가 불확실할 수 있다.

3.33  앞서 언급한 사항은 주어진 사실관계와 상황하에서 거래순이익률법을 어떻게 적용할 것인지를 결정함에 있어 참작돼야 한다. 더욱 중요한 것은 앞서 언급한 사항을 고려해 볼 때 거래순이익률법을 적용할 때는 iii)에 기술하는 거래이익법의 결론과 한계에 따르는 것이 좋다.
c)적용지침
1. 거래순이익률법에 적용되는 비교가능성기준

3.34  가격은 제품차이에 의해 영향을 받고, 총이익은 기능차이에 의해 영향을 받으나, 영업이익은 그런 차이에 의해 비교적 영향을 적게 받는다. 그러나 재판매가격법이나 원가가산법에서처럼 단순히 두 기업간 기능이 유사하다고 해서 신뢰할 만한 비교가 된다고 할 수는 없는 것이다. 동 방법을 적용하기 위해 유사기능을 기업의 다양한 기능 가운데서 분리해 낼 수 있다 하더라도 비교가능기업이 다른 경제분야에서 혹은 채산성수준이 다른 시장에서 그러한 기능을 수행한다면 그 기능과 관련된 이익률이 자동적으로 비교가능하지 않을 수 있다. 비교가능한 독립기업간의 거래가 독립기업이 하는 거래인 경우 특수관계거래와 비교가능하기 위해서는 특수관계기업과 독립기업이 여러 가지 점에서 유사성이 높을 것이 요구된다. 순이익률에 심각한 영향을 주는 요소로는 제품과 기능 이외 여러 가지가 있다.

3.35  순익률의 사용은 두 가지 이유로 이전가격 결정에 보다 큰 변동가능성을 초래한다. 첫째, 순이익률은 총 이익률이나 가격에는 영향을 미치지 않거나, 영향을 적게 미치는 어떤 요소들로부터 영향을 받을 수 있는데, 이것은 기업들간에 영업비용이 달라질 수 있다는 사실에 기인한다. 둘째, 순이익률은 가격과 총이익률에 영향을 미치는 요소들, 예를 들면 기업의 경쟁력 상태에 의해 영향을 받을 수 있는 바, 이런 요소들에 의한 영향은 잘 제거되지 않을 수 있다. 전통적 거래접근법에서는 이런 요소들에 의한 영향이 제품유사성과 기능유사성을 강조함으로써 자연히 제거될 수 있을 것이다.

3.36  순이익률은 산업내에서 작용하는 다음과 같은 요인들에 의해 직접적으로 영향을 받을 수 있다. 즉, 새로운 진입 가능성, 경쟁정도, 경영능률, 개별전략, 대체재 출현가능성, 변동비구조(예를 들면 공장설비와 기계장치의 사용연수에 반영되는), 자본비용 차이(예를 들면 자기자본이냐 차입이냐에 따른), 사업경험정도(예:당해 사업이 창업단계에 있는지 아니면 성숙단계에 있는지) 등 이런 요인들은 다시 수많은 다른 요인들에 의해 영향을 받을 수 있다. 예를 들면 새로운 진입위협의 수준은 제품차별성, 자본요구정도, 정부보조금과 규제 등의 요인에 의해 결정될 것이다. 이런 요인들 중 일부는 전통적 거래접근법의 적용에도 영향을 미칠 수 있다.