3.17 일반적으로 기여도분석에서 결합되고 분할되는 이익은 영업이익이 된다. 이런 방식의 이익분할법 적용은 다국적기업의 소득과 비용을 일관성 있게 관련 특수관계기업들에 배분할 수 있도록 한다. 그러나 때에 따라서는 매출총이익을 먼저 나눈 후 각 기업에 발생 또는 귀속시킬 수 있는 비용을 공제(단, 매출총이익 계산시 고려된 비용 제외)하는 것이 타당할 수도 있다. 다국적기업의 총소득과 공제를 특수관계기업들간에 나누기 위해 여러 다른 분석방법이 적용되는 경우 각 기업에 발생 또는 귀속될 비용이 각기 떠맡고 있는 활동과 부담하는 위험에 부합하도록, 그리고 매출총이익의 배분이 활동이나 위험부담에 부합되도록 주의하여야 한다. 예를 들어 다양한 형태의 자산을 보유하고 상당한 정도로 통합된, 전세계적인 무역업을 영위하는 다국적기업의 경우 비용이 발생 또는 귀속하는 기업을 결정할 수는 있으나 그 비용관련 무역활동을 정확히 결정하는 것은 불가능할 수 있다. 이 경우 위에서 언급한 주의사항을 염두에 두면서 각 무역활동으로부터 발생한 매출총이익을 각 특수관계기업별로 나눈 다음 각 기업에 발생 또는 귀속시킬 수 있는 비용을 공제하는 것이 적절할 수 있다.

3.18 특수관계거래에 대한 각 특수관계기업들의 상대적 기여도를 결정하기 어려울 수 있으며 이러한 경우에는 각 상황별 사실관계와 상황에 의존하여 접근해야 할 것이다. 기여도 결정은 각 당사자의 다양한 형태의 기여(서비스제공, 부담한 개발비용, 투자자본 등)의 성격과 정도를 비교하고 그 상대적 비교결과와 외부시장자료에 의해 비율을 최종 결정한다.

3.19 잔여가치 분석은 조사대상 특수관계거래의 결합이익을 두 단계에 걸쳐 나눈다. 첫번째 단계에서는 각각의 거래참여 기업이 행하고 있는 거래형태에 적합한 기본수익만큼의 이익을 각 거래참여 기업에게 배분한다. 일반적으로 이러한 기본수입은 독립기업에 의한 유사형태 거래에서 발생하는 시장수익을 참고로 하여 결정된다. 일반적으로 기본수익은 각 당사자가 소유한 특이하고 가치가 큰 자산에 의해 발생하는 수익을 포함하지 않는다. 두번째 단계에서는 개별 사실관계와 상황분석을 기초로 하여 첫번째 단계에서 배분하고 남은 잔여이익을 독립기업간의 이익배분이 되도록 각 당사자간에 배분한다. 각 당사자의 무형자산 기여 및 상대적 협상지위에 대한 지표들은 이런 맥락에서 볼 때 특히 유용하다.

3.20 잔여이익은 다른 방법을 적용해서 구할 수도 있다. 예를 들어 전통적 거래접근법에서 얻어진 시장자료는 특수관계기업 중 하나가 독점적 제조공정으로 특이한 제품을 제조한 후 그 제품을 또다른 독점적 제조공정을 사용하는 추가적 공정을 위해 다른 특수관계기업에 이전하는 경우 특수관계기업에 귀속시킬 정상이익을 미리 계산해 보는데 도움이 될 수 있다.

3.21 잔여이익분석법의 하나인 접근방법은 공개시장에서의 독립기업간 협상결과를 그대로 따르고자 하는 것이다. 이런 맥락에서 각 당사자에게 제공된 기본수입은 그 여건하에서 독립적인 판매자가 합리적이라고 생각하는 가장 낮은 가격과 구입자가 합리적이라고 생각하는 가장 높은 가격에 상응하는 것이다. 이 두 가지 가격사이의 불일치는 독립기업들이 합의했을 이익을 초과하는 잔여이익이 될 것이다. 따라서 잔여이익 분석법에서는 독립기업들이 판매자 최소사격과 구입자 최대가격간 차이를 어떻게 분할했는가를 나타내는, 특수관계기업과 관련된 요인분석을 기초로 해 그 이익을 나눌 것이다.