1/37 그러나 세무당국이 예외적으로 납세자가 채택한 특수관계거래의 구조를 무시하는 것이 적절하고 타당한 두 가지 특별한 경우가 있다. 첫번째는 계약의 경제적 실질이 형식과 다른 경우다. 그런 경우에 세무당국은 당사자간의 경제적 실질에 맞추어 계약을 재해석할 수 있다. 이러한 경우의 예로는 차입하는 기업이 정상적인 경제상황에서 그렇게 하지 않으리라고 기대되는데도 특수관계기업간에 이자부 채무형태로 투자가 이루어진 것으로 되어 있는 경우를 들 수 있다. 이 경우 세무당국은 그 대여가 경제적 실질면에서 자본투자의 형태가 되도록 투자의 성격을 규정하는 것이 적절할 것이다. 두번째 경우는 거래의 형태와 경제적 실질이 일치한다 하더라도 그 거래와 관련된 제반사항을 종합적으로 고려할 때 거래에 대한 약정이 합리적으로 행동하는 독립기업이 선택하였을 약정과 다르고 실제구조가 세무당국이 적정한 이전가격을 책정하는 것을 방해하는 경우다. 그 예로는 계약의 전 기간동안 장래의 연구개발로부터 얻어지는 지적재산권을 무제한적으로 사용하고 그 대가를 일시불로 지급하는 장기계약(앞의 1.10에서 지적한 바와 같은)을 들 수 있다. 이러한 경우 세무당국은 그 거래를 상업자산의 양도로 볼 수도 있겠지만 그것보다는(단순히 가격책정 측면만을 보지말고) 전체적인 측면에서 이전의 조건을 보아 그 조건이, 독립기업이 일방당사자가 되어 이와 같은 재산의 이전거래를 하였을 경우에 설정하였을 것으로 기대되는 거래조건을 따르도록 하는 것이 타당하다. 이 경우 세무당국은 거래의 조건을, 상업거래에서 합리적이라고 인정되는 연구계약으로 재규정하는 것이 타당할 것이다.

1.38 위에 언급된 두 가지 상황에서 거래의 성격은 정상적인 상업조건에 의해 결정된다기보다 양 당사자간의 관계에 기인하며 납세자의 조세회피 또는 세금최소화 의도에 의해 결정된다고 할 수 있다. 이런 경우 거래조건은 총괄적으로 볼 때 각 당사자들이 독립기업간 거래를 했을 경우에 합의하였을 조건과는 차이가 있을 것이다. 이렇듯 OECD 표준조세협약 9조는 조건의 조정시 그 거래가 독립적인 상황에서 이루어질 때 합의되었을 경제적·상업적 현실에 부합되는 조건들을 반영하는 것을 가능케 한다.

1.39 특수관계기업들은 독립기업들 사이에 일반적으로 존재하는 이해상충의 문제가 없는 경우가 많기 때문에 독립기업들보다 훨씬 다양한 형태의 계약이나 약정을 체결할 수 있다. 특수관계기업들은 관련없는 기업들간에는 갖기 힘든 특별한 성격의 약정을 할 수 있으며 실제로 그렇게 하는 경우가 많다. 이러한 것은 사안별로 특수한 여건을 감안하여 다양한 법적 경제적 금융적 목적으로 행해질 수 있다. 더구나 다국적기업내의 계약은 다국적기업 전체의 전략에 따라 쉽게 변경 중지 연장 종결되며 그러한 변경은 소급하여 이루어질 수도 있다. 그런 경우에 세무당국은 독립기업원칙을 적용함에 있어 계약조건 뒤에 숨어 있는 실질이 무엇인지를 결정해야 할 것이다.
1.40 이외에 세무당국은 형성된 특수관계거래가 독립기업원칙을 만족시키는지의 여부를 결정하기 위해 독립기업 사이에서 그 거래와는 다른 방식으로 형성된 거래를 참조할 필요가 있다. 다른 방식으로 형성된 거래로부터 얻은 증거가 고려되어야 하는지의 여부는 특수관계거래와 다른 방식으로 형성된 거래간의 차이를 메우기 위한 조정의 정확성과 빈도 그리고 활용가능한 다른 증거들의 질과 같은 것을 포함하여 다른 방식으로 형성된 거래의 사실관계과 상황에 의존할 것이다.