주소지 관할세무서가 부가세 과세를 위해 사업자를 직권 등록시킨 후 다시 직권 폐업했음에도 사업장 관할세무서가 그 이전에 직권 폐업시켰다는 점을 들어 매입세액을 공제하지 않은 것은 부당하다는 결정이 내려졌다.

국세심판원은 최근 이某씨가 ○○세무서를 상대로 낸 부가세 부과처분취소 청구소송에서 이같이 밝히고 세무서는 1천2백여만원의 부가세 부과처분을 취소하라고 결정했다.
심판원에 따르면 이某씨는 주류제조장 건축공사를 위해 건축업체와 계약을 체결하고 세금계산서를 교부받아 부가세 확정신고를 했으나 세무서는 건축업자가 미등록사업자에 해당한다며 매입세액을 불공제해 부가세를 결정·고지하자 심판을 청구했다.

심판원은 결정문을 통해 `사업자등록을 한 후 폐업하거나 등록사항이 변경됐을 경우에는 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고해야 하고, 사업자가 폐업하거나 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 않을 경우에도 사업장 관할세무서장에게 지체없이 등록을 말소해야 한다'고 설명했다.
심판원은 또 `사업장 관할세무서장이 건축업자를 직권 폐업시켰으나 그 이후 주소지 관할세무서장이 매출누락분에 대한 과세를 위해 사업자등록을 소급해 직권 등록시킨 후 다시 직권 폐업시킨 것은 사업장 관할세무서의 직권폐업 여부에 관계없이 실질적인 사업을 영위했다고 봐야 한다'고 밝혔다.