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구독하기 2025.05.23. (금)

관세

수정수입세금계산서 발급 문턱 확 낮춘다

관세청, 시행령·운영지침에 ‘착오·경미한 과실’ 사례와 유형 적시

수정수입세금계산서 미발급시 납세자보호위원회 통한 구제절차 마련

이달 23일 새롭게 변경된 수정수입세금계산서 발급절차 온라인 설명회 개최

 

 

수정수입세금계산서 발급을 제한해 온 관세청이 그간의 방침을 바꿔 납세자의 명백한 과실을 제외하곤 사실상 제한 없이 수정수입세금계산서를 발급토록 하는 운영지침을 개정·시행 중이다.<관련기사 '수정수입세금계산서 피해 없게'…관세청, 법령개정 무산되자 운영지침 개정- 본지 2022.2.10日字>

 

또한 수정수입세금계산서 발급이 거부된 경우에도 불복제도에 앞서 납세자보호위원회를 통해 다툴 수 있는 절차가 마련되는 등 사전구제 절차도 마련됐다.

 

관세청은 그간 납세자와의 다툼을 이어온 수정수입세금계산서 발급제한 조치를 최대한 완화한 ‘수정수입세금계산서 발급 운영지침’을 개정, 이달 7일부터 시행 중이라고 18일 밝혔다.

 

앞서 납부세액의 부족분을 세관장이 결정·경정하거나 이를 알고 수정신고하는 경우에는 수정수입세금계산서 미발급이 원칙으로, ‘관세품목분류협의회 등에서 품목분류를 변경하는 경우’, ‘합병에 따른 납세의무 승계’, ‘수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자의 귀책사유 없음을 증명하는 경우’ 등은 예외적으로 발급이 허용됐다.

 

문제는 예외적으로 수정수입세금계산서를 발급하는 ‘수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자의 귀책사유 없음을 증명하는 경우’에서 “경미한 과실”여부를 두고 과세관청과 납세자 간의 다툼이 끊이지 않았다.

 

관세청은 지난 7일 개정 시행 중인 수정수입세금계산서 발급 운영지침에서 ‘경미한 과실’에 대한 해석지침을 마련한데 이어, 이달 15일자로 부가세법 시행령 제72조 제4항에 ‘착오·경미한 과실’로 볼 수 있는 대표적인 경우를 추가해 시행했다.

 

이에 따르면, △특수관계자간 거래 적정성 등 과세가격을 신고하는데 상당한 지식과 주의가 요구돼 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우 △대다수 수입신고 건에 대해서는 과세가격 및 세액을 적정하게 신고했으나 일부 수입신고 건에 오류가 있는 경우 등에는 수정수입세금계산서 발급이 허용된다.

 

관세청은 또한 7일 개정 시행 중인 수정수입세금계산서 발급운영지침에 ‘착오·경미한 과실’로 볼 수 있는 10가지 유형을 규정한데 이어, 16가지 세부 예시를 적시해 세관장이 적극적으로 발급여부를 판단할 수 있도록 했다.

 

일례로 해외본사의 가격정책 변경사항을 회계시스템에 반영하면서 수치입력을 착오해 정책변경 직후인 2개월인 과세가격을 낮게 신고했으나, 전후 18개월은 적정신고한 경우는 해당 2개월치를 수정신고하면 수정수입세금계산서를 발급토록 개선했다.

 

한편, 관세청은 수정수입세금계산서 발급이 거부된 경우 시간과 비용이 소요되는 불복제도에 앞서 납세자보호위원회를 통해 구제받을 수 있는 절차를 새롭게 마련했다.

 

 

종전에는 수정수입세금계산서 발급이 거부될 경우 심판이나 소송 등 불복절차 외에는 발급여부를 객관적으로 판단 받을 수 있는 사전구제절차가 없었다.

 

그러나 앞으로는 납세자가 수정수입세금계산서 미발급 통보를 받은 경우 민간전문가들로 구성된 관세청 납세자보호위원회를 통해 미발급의 적정성 여부를 심의받을 수 있게 된다.

 

이와 관련, 관세청은 이달 23일 오후 2시 관세청 유튜브 채널에서 수정수입세금계산서 발급절차 완화 및 납세자보호위원회를 통한 구제절차를 안내하는 온라인 설명회를 개최할 예정이다.

 

관세청 관계자는 “이번 설명회를 통해 기업과 관세사 등에게 납세자보호위원회 심의절차를 상세하게 안내하는 한편, 수정수입세금계산서 발급지침 개정사항에 대한 이해의 폭을 넓혀나갈 계획”이라고 밝혔다.



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