"도대체 이런 법이 어디 있습니까. 세무서에서 지난 2001.9월에 면세사업자용 사업자등록증을 발급해 현재까지 학원사업을 하고 있는데 느닷없이 부가세를 납부하라고 하니 어처구니가 없을 따름입니다."

학원을 운영하는 (주)아이넷스쿨의 한 대리점 사업자는 2001.9.6부터 현재까지 면세사업자로 사업자등록증을 교부받고 도서 및 학습지 판매와 교육용역을 제공해 오면서 교육청으로부터 2003.11월 원격 평생교육시설 신고증을  교부받았다. 

그런데 과세관청은 2004.10.15에 2003.11월을 기준으로 이전 교육용역 부분에 대한 부가세를 과세했다.

이유인즉 교육청에서 신고증이 교부되기 전인 2001.9월∼2003.11월까지의 기간에 대한 부가세 면세를 내야 한다는 것.

그러나 납세자의 입장에서는 도저히 납득하기 힘들다.

우선 일선 세무서에서 부가세 면세사업자로 사업자등록을 발급해줘서 그에 따라 사업을 영위해 왔고, 특히 사업개시일부터 현재까지 동일한 사업을 해오고 있는데도 불구하고 단지 교육청 신고증 교부일을 기준으로 과세를 하는 것이 억울할 따름이었다.

즉 납세자의 억울한 사정을 정리해 보면, 신의성실의 원칙(면세사업자용 사업자등록증 발급)과 실질과세의 원칙(동일 사업에 대한 과세 여부)에 부합되지 않는다고 할 수 있다.

법률관계를 살펴보면, 특히 실질과세의 원칙에 명확하게 위배되고 있어 이에 대한 세법 개선이 요구되고 있다.

부가세법 제12조(면세)제1항에 따르면 '다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가세를 면제한다'고 규정하는데 제5호에서 교육용역으로써 대통령령이 정하는 것으로 규정하고 있다.

국세청 부가세법 기본통칙 12-30-1(교육용역의 면세범위)에서는 '면세하는 교육용역은 주무관청의 허가·인가 또는 승인을 얻어 설립하거나 주무관청에 등록 또는 신고한 학원 강습소 및 청소년 기본법에 의한 청소년 수련시설에서 지식·기술 등을 가르치는 것을 말하며 그 지식 또는 기술의 내용은 불문한다'로 규정하고 있다.

따라서 부가세법 시행령 제30조 면세교육용역의 범위를 '단순히' 정부의 인·허가 신고일을 기준으로 면세 여부를 적용할 경우, 국세기본법 제14조(실질과세)제2항 '세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실지 내용에 따라 적용한다'에 엄연히 배치되고 있다.

또한 헌법 제11조(국민의 평등)에 근거한 조세평등주의에 위배될 뿐만 아니라, 국세기본법 제18조(세법해석의 기준)제1항은 '세법을 적용함에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비춰 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 않도록 해야 한다'고 규정하고 있다.

이종래(李鍾來) 세무사는 이와 관련 "(주)아이넷스쿨이 평생교육시설 신고증을 2000.11월에 교부받았는 데도 불구하고, 그 대리점이 교육청에서 신고증을 교부받지 못했다는 이유로 과세하는 것은 부당하다"고 주장했다.

특히 李 세무사는 "국세기본법 제14조제2항과 동법 제18조 및 조세평등주의에 적합하도록 면세조항을 적용하려면 과세시점(2004.11월)에서 교육청이 신고했는지에 따라 과세해야 한다"고 강조했다.

따라서 일선 세무서는 사업자등록증 발급시 면세사업자 해당 여부를 명확히 검증후 관련 미비서류를 꼼꼼히 챙겨야 할 것이다.

또한 국세청에서는 이러한 세법상의 상이한 부분을 바로잡을 수 있도록 재경부에 세법개선 건의를 추진하고, 내부적으로는 관련지침을 통해 법개정전에 이같은 억울한 사례를 적극 구제해 줘야 할 것이다.