올해부턴 자산 5억미만 소규모 공익법인도 4월말까지 결산서류 공시의무
새롭게 바뀐 홈택스 공시시스템…입력단계에서 오류체크 가능·자동채움 제공
기부금대상 공익법인 지정추천 위해선 관할세무서에 신청해야
국세청, 각 지방청별 공익법인 전담팀서 불성실 공익법인 철저 검증 예고
12월말 결산 공익법인은 이달 말일까지 출연재산 등에 대한 보고서를 제출해야 하며, 오는 4월30일까지는 종교법인을 제외하곤 결산서류를 홈택스에 공시해야 한다.
다만, 총 자산가액 5억원 미만이면서 수입·출연재산가액 합계액이 3억원 미만인 소형 공익법인은 간편서식으로 공시할 수 있다.
이와 관련, 국세청은 공익법인이 세법상 혜택을 누리면서 특정기업 주식을 과다하게 보유하는 등 의무위반 사례가 다수 발생함에 따라, 각 지방청 공익법인 전담팀을 통해 모든 대기업 계열공익법인을 대상으로 세법상 의무이행에 대한 검증을 실시할 방침이다.
이달 31일까지 출연재산을 보고해야 하는 공익법인은 12월 결산법인으로, ‘공익법인 출연재산 등에 대한 보고서’, ‘외부전문가 세무확인서’, ‘주무관청에 제출한 결산서류’ 등을 관할세무서에 서면 또는 홈택스로 제출해야 한다.
또한 오는 4월30일까지는 종교단체를 제외한 12월 결산 모든 공익법인은 결산서류를 표준서식에 따라 홈택스에 공시해야 하나, 소규모 공익법인은 간편서식으로 공시하면 된다.

국세청은 공익법인이 쉽고 정확하게 납세협력의무를 이행할 수 있도록 홈택스 공시시스템을 개편해, 올해부터는 공시자료 입력단계에서 분석한 오류를 ‘알림창’으로 표시해 공익법인이 오류를 즉시 수정할 수 있도록 개선했다.
종전에는 공익법인이 결산서류 등 공시를 완료하면 국세청에서 공시자료를 분석한 후 오류를 수정·재공시토록 안내했다.
전산시스템도 개편돼 공익법인이 재무제표를 먼저 입력하면 다른 공식서식에 재무제표 관련 항목이 자동입력되는 등 자동채움 기능도 제공된다.
코로나19에 따른 비대면 안내도 강화된다. 국세청은 공익법인 의무 위반시 증여세가 과세되는 총 18종의 항목에 신고사항이 있는 경우 홈택스를 통해 안내하고 있으며, 일선 세무관서에 공익법인 전문상담팀을 운영해 공익법인 회계실무자를 대상으로 비대면 설명회를 실시 중이다.
이외에도 결산서류 등 공시의무가 있는 소규모 공익법인이 기한내 공시할 수 있도록 법인대표자에게 모바일 안내장도 송부된다.

한편, 올해부터 기부금대상 공익법인 지정추천을 받으려는 비영리법인 등은 주무관청이 아닌 관할세무서에 신청을 해야 한다. 신청기한은 지정을 희망하는 분기 마지막 달의 전전달 10일까지며, 국세청 추천을 거쳐 기획재정부에서 매분기 말일에 최종 지정·고시한다.
일례로 올해 1분기 기부금 대상 공익법인 지정을 받기 위해선 지난해 10월11일부터 올해 1월10일까지 신청을 완료해야 하며, 올해 2분기내 지정을 받기 위해선 올해 1월11일부터 4월10일까지 신청해야 한다.
특히 그동안 법령에 따라 지정신청 절차 없이 기부금단체로 인정됐으나, 올해 새롭게 기획재정부 지정을 받아야 하는 단체(2018년 2월13일 이전에 인허가를 받은 학술연구·장학·예술단체 등)는 반드시 지정신청을 해야 한다.
또한 지난해 12월 결산법인은 오는 4월30일까지 법인세법상 의무이행 여부를 주무관청에 보고해야 하며, 미이행할 경우 공익법인 지정이 취소되거나 불성실 공익법인으로 공개될 수 있다.
국세청 또한 불성실 공익법인에 대한 검증을 강화 중으로 계열법인의 경우 ‘출연받은 재산 사용’, ‘특정법인 주식 보유’, ‘이사·임직원 채용’, ‘내부거래금지’ 주요 의무이행 사항을 검증하고 있다.

비계열 공익법인의 경우 자산·수입규모가 크고 불성실 혐의가 있으면 개별검증을 지속적으로 확대하는 한편, 소규모 공익법인에 대해서도 탈루혐의별 전산분석을 통해 검증대상을 선정하는 등 사후관리를 실시 중이다.
국세청 관계자는 “검증과정에서 탈루혐의가 큰 경우에는 지방청 공익법인 조사전담팀에서 세무조사를 실시해 탈법행위를 차단하겠다”며 “공익법인이 기부문화 정착과 공익사업 활성화라는 순기능에 충실할 수 있도록 세정지원 또한 확대하겠다”고 밝혔다.