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구독하기 2025.05.23. (금)

내국세

공익법인, 세법상 이것만은 꼭 지켜야 한다

국세청은 2020년 12월말 결산 공익법인은 이달 31일까지 ‘공익법인 출연재산 등에 대한 보고서’를 제출해야 하고, 다음달 30일까지 결산서류를 홈택스에 공시해야 한다고 9일 밝혔다.

 

공익사업은 ▷종교 보급⋅교화 ▷학교⋅유치원 경영 ▷사회복지법인이 운영하는 사업 ▷의료법인이 운영하는 사업 ▷기부금을 받는 자가 기부금으로 운영하는 사업 ▷법인세법 시행령에 따른 공익법인 및 소득세법 시행령에 따른 공익단체 ▷법인세법 시행령에 따른 사회복지․문화․예술․교육․종교․자선․학술 등 공익목적으로 지출하는 기부금으로서 기재부장관이 지정 고시하는 기부금으로 운영하는 사업을 말한다.

 

공익법인에 대해서는 각종 세제상 혜택이 주어진다. 공익법인이 재산을 출연받은 시점에 상속세와 증여세를 면제하고, 수익사업의 경우만 법인세 신고납부 의무가 있다. 고유목적사업준비금 설정과 이자소득⋅자산양도소득에 대한 특례도 적용받는다.

 

또 고유목적사업을 위해 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화와 용역에 대해서는 부가세를 비과세한다.

 

세법에서는 성실공익법인에 대해 세제혜택을 주는데, 성실공익법인이란 ▷운용소득의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용 ▷출연자 및 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 미초과 ▷외부회계감사 이행 ▷전용계좌 개설 사용 ▷결산서류 공시 ▷장부의 작성・비치 ▷특수관계인 간 자기내부거래 금지 ▷광고・홍보 금지 등의 요건을 충족하는 법인을 의미한다.

 

성실공익법인은 동일기업의 주식보유 제한비율(10% 또는 20%)에서 우대받으며, 계열회사 주식보유한도는 제한이 없다.

 

■공익법인이 이행해야 하는 세법상 의무

○납세협력의무

의무사항

관련법령

내 용

의무위반

가산세

보고서 등

제출의무

상증법

§48,

§78

(대상) 출연재산이 있는 공익법인

(제출) 결산에 관한 서류, 공익법인 출연재산 등 보고서

(기한) 사업연도 종료일부터 3개월 이내

홈택스(www.hometax.go.kr)신고납부일반신고공익법인보고서제출

미제출불분명금액 관련 증여세액x1%

(1억 원 한도)

결산서류 등

공시의무

상증법

§503,

§78

(대상) 모든 공익법인(종교법인 제외)

다만, 자산총액 5억 원 미만이면서 수입금액과 그 사업연도에 출연받은 재산가액 합계액이 3억 원 미만인 경우 간편서식 가능

(기한) 사업연도 종료일부터 4개월 이내

(방법) 국세청 홈페이지 게재

홈택스(www.hometax.go.kr)>세금종류별서비스공익법인 공시결산서류 등 공시

시정 요구(1개월 이내공시, 오류 시정)를 이행하지 않은 경우

-자산총액x 0.5%

장부의작성

비치 의무

상증법

§51,

§78

사업연도별로 출연받은 재산 및 공익사업 운용내용 등에 대한 장부 작성하고 관계 증명서류와 함께 10년간 보존

(수입금액출연재산) ×0.07%

외부전문가

세무확인서

보고

상증법

§50,

§78

(대상) 자산총액 5억 원 이상 또는 수입금액과 그 사업연도에 출연받은 재산가액 합계액이 3억 원 이상인 경우

(제출) 출연재산의 운용과 공익사업 운영내역 등을 2명 이상의 외부전문가로부터 세무확인을 받아 제출

(기한) 사업연도 종료일부터 3개월 이내

MAX (,)

(수입금액 출연재산) ×0.07%

100만원

(1억 원 한도)

 

의무사항

관련법령

내 용

의무위반

가산세

외부회계감사를 받아야 할 의무

상증법

§50,

§78

(대상) 직전 사업연도 총자산가액 100억 원 이상 또는 수입금액과 출연재산가액 합계액이 50억 원 이상 또는 출연재산가액이 20억 원 이상인 법인은 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률2조 제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 함(종교학교법인 제외)

(제출) 감사보고서

(기한) 사업연도 종료일부터 3개월 이내

(수입금액출연재산) × 0.07%

전용계좌개설

사용의무

상증법

§502,

§78

(대상)직접 공익목적사업과 관련하여 수입과 지출이 있는 경우

(기한)최초 공익법인에 해당하게 된 날부터 3개월 이내 개설신고

(변경추가)사유발생일부터 1개월 이내에 신고

미사용금액의 0.5%

미신고시 MAX(,)

공익수입금액×0.5%

대상거래금액×0.5%

공익법인 회계기준 적용의무

상증법

§504

(대상) 외부 회계감사의무, 결산서류 공시의무 이행시 기획재정부 공익법인 회계기준 심의위원회에서 정한 회계기준 적용(의료법인, 학교법인 제외)

 

기부금영수증 발급내역 작성

보관제출의무

법법

§1122,

법법§754

(대상) 기부금영수증을 발급하는 법인

(제출) 기부금영수증 발급명세서

(기한) 사업연도 종료일부터 6개월 이내 관할세무서에 제출, 5년간 보관

미작성미보관시 불성실기부금 수령단체 명단공개 대상(국기법§855)

사실과 다르게 발급한 금액×5%

명세서 미작성 금액 ×0.2%

계산서합계표 등 자료제출 의무

법법

§1203,

법법§121,

법법§758,

부법§54

(대상) 계산서를 수취 또는 교부한 경우

(제출) 매입처별 세금계산서합계표 및 매출매입처별 계산서합계표 제출

(기한) 매년 210일까지 제출

국가지방자치단체,비영리법인(수익사업부분 제외)은 가산세 적용 제외

미제출한 공급가액 ×0.5%

 

○출연재산 사용에 관한 의무사항 

 

의무사항

관련법령

내 용

의무위반

가산세

출연재산을

직접 공익목적

사업에 사용

상증법§48

1,

상증령§38

재산을 출연받은 때에는 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용을 시작하고 이후 계속하여 사용하여야 함

증여세 부과공익목적사업 외 사용, 3년내 미사용금액, 3년 이후 사용중단 금액

출연재산

매각대금을

직접 공익목적

사업에 사용

상증법§48

(45),

상증령§38

④・⑦,

상증법

§78

매각한 날이 속하는 사업연도의 종료일부터 1년 이내 30%, 2년 이내 60%, 3년 이내 90%에 상당하는 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용하여야 함

공익목적사업 외 사용, 90%에 미달 사용한 금액에 증여세 부과

1년 이내 30%, 2년 이내 60% 미달 사용시 미달사용 금액의 10% 가산세 부과

출연재산

운용소득을

직접 공익목적

사업에 사용

상증법§483~5,

상증령§38

⑤・⑥,

상증법

§78

출연재산을 수익사업용 또는 수익용으로 운용하는 경우 그 운용소득의 70%(성실공익법인 80%)에 상당하는 금액 이상을 소득이 발생한 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하여야 함

증여세 부과

가산세 부과기준미달 사용한 금액 ×10%

주식

출연 제한

상증법

§48,

상증령§37

내국법인의 의결권 있는 주식등을 출연받은 경우 동일한 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 5%(10%, 20%)초과 금지

증여세 부과초과하는 가액에 부과

주식

취득 제한

상증법

§16,

상증법§482,

상증령§37

출연받은 재산으로 내국법인의 의결권 있는 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우 동일한 내국법인의 의결권 있는 발행주식 총수 등의 5%(10%, 20%)초과 금지

증여세 부과초과부분을 취득하는데 사용한 재산의 가액

주식

매각 의무

상증법§49,

상증법

§78

’96.12.31. 현재 동일한 내국법인에 대한 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 주식 등을 보유하고 있는 경우 일정기한까지 매각하여야 함

-5%20% 이하 : 3이내('99.12.31.) 처분

-20% 초과 : 5이내('01.12.31.) 처분

가산세 부과5%초과 보유주식의 매사업연도말 현재의 시가×5%(부과기간 : 10)

성실공익법인 등은 제외

계열주식 보유한도

상증법

§48,

상증법

§78

총재산가액 중 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등의 가액이 30%(50%*) 초과 금지

*외부감사,전용계좌개설사용,결산서류공시 이행하는 경우

가산세 부과30%(50%)초과보유 주식의 매사업연도말현재의 시가×5%

성실공익법인 제외

 

의무사항

관련법령

내 용

의무위반

가산세

출연재산

일정비율

의무사용

상증법§487,

상증법

§78

총자산가액 5억 원 이상 또는 수입금액과 출연재산가액 합계액이 3억 원 이상인 공익법인, 성실공익법인

-원칙 : 출연재산가액 1% 이상

-동일주식 10% 초과 : 출연재산가액 3% 이상

가산세 부과(사용기준금액직접 공익목적 사용금액)

×10%

출연자 등의 이사 취임시 지켜야 할 일

상증법

§48,

상증법

§78

출연자 또는 그의 특수관계인이 공익법인 등(의료법인 제외)의 현재 이사 수의 1/5을 초과하여 이사가 되거나, 그 공익법인 등의 임직원으로 취임 금지

가산세 부과기준 초과한 이사등과 관련하여 지출된 직간접경비 상당액 전액

특정기업의 광고 등

행위 금지

상증법

§48,

상증법

§78

특수관계에 있는 내국법인의 이익을 증가 시키기 위하여 정당한 대가를 받지 아니하고 광고홍보 금지

가산세 부과

- 신문, 잡지 등

광고, 홍보비용

- 팜플렛입장권 등

행사비용 전액

자기내부거래시 지켜야 할 일

상증법

§48,

상증령§39

출연받은 재산을 출연자 및 그의 특수관계자가 정당한 대가를 지급하지 않고 사용수익 금지

증여세 부과

- 무상사용

출연재산가액에 부과

-낮은 가액으로 사용

차액이 증여가액

특정계층에만 공익사업의

혜택 제공 금지

상증법§488,

상증령§382

출생지직업학연 등 특정계층에만 혜택이 제공되는 경우 출연받은 재산을 공익목적에 사용하지 않은 것으로 봄

증여세 부과특정계층에 제공된 재산가액이익이 증여가액

공익법인

해산 시 지켜야 할 일

상증법§488,

상증령§381

공익사업을 종료하고 해산 시 그 잔여재산을 국가지방자치단체 또는 유사한 공익사업을 영위하는 공익법인에 귀속시켜야 함

증여세(법인세) 부과국가 등에 귀속하지 않은 재산가액

기부금영수증 발급내역 작성보관

및 제출의무

법법§1122,

법법§754

(대상) 기부금영수증을 발급하는 법인

(제출) 기부금영수증 발급명세서

(기한) 사업연도 종료일부터 6개월 이내 관할세무서에 제출, 5년간 보관

*미작성·미보관시 불성실기부금 수령단체 명단공개 대상(국기법§855)

사실과다르게발급한 금액×5%

명세서미작성금액 ×0.2%

 

 



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