2020년 12월말 결산 공익법인은 오는 30일까지 ‘공익법인 출연재산 등에 대한 보고서’를 제출해야 하고, 다음달 30일까지 결산서류를 홈택스에 공시해야 한다.
국세청은 편법적인 상속・증여 차단을 위해 공익법인의 세법상 의무 이행 여부를 면밀히 검증한다는 방침이다.
우선 모든 대기업 계열 공익법인은 지방국세청 ‘공익법인 전담팀’에서 검증을 실시한다. 자산・수입 규모가 크고 불성실 혐의가 있는 비계열 공익법인에 대한 개별검증도 지속적으로 확대키로 했다. 그 외 소규모 공익법인은 탈루혐의별 전산분석을 통해 검증대상을 선정해 사후관리를 실시할 방침이다.
국세청 검증 결과, 공익법인이 특수관계인인 계열사 퇴직 이사를 임직원으로 채용하거나 출연받은 토지에 신축한 건물을 계열사에 부당하게 저가로 임대한 사례들이 포착됐다.
계열회사 대표 등 특수관계인을 이사로 20% 넘게 선임한 공익법인은 동일 주식을 5% 넘게 보유하다가 수백원의 가산세를 추징당했다.

재단법인 A는 특수관계에 있는 계열회사 대표 2명을 재단이사로 선임했다. 이에 따라 특수관계인을 이사기준 20%보다 초과 선임해 성실공익법인 요건을 미충족했다.
현행 상증세법상 성실공익법인을 제외한 공익법인이 동일한 내국법인 주식을 5% 초과 보유할 수 없다. 위반시 5% 초과분에 대한 가산세가 부과된다.
그러나 이 재단은 내국법인 주식을 매각하지 않고, 5% 기준을 초과해 계속 보유하다가 국세청에 적발됐다. 국세청은 5% 초과 보유주식의 시가 수백억원에 대한 가산세 수백억원을 추징했다.
공익법인 B은 출연자 또는 그 특수관계인은 공익법인의 임직원에 취임할 수 없는 데도 퇴직 후 5년이 경과하지 않은 계열사 이사 2명을 임직원으로 채용했다. 국세청은 특수관계인에게 지급한 급여 등 직・간접 경비 전액에 대해 가산세 수억원을 추징했다.

공익재단 C는 출연받은 토지에 신축한 건물을 사주 일가가 지배하는 계열사에 저가로 임대하다 국세청에 적발됐다.
국세청은 정상대가와 저가임대료의 차액에 해당하는 출연재산가액 수십억원에 대한 증여세 수십억원을 추징했다.