한 지방청에서 법인사업자에 대해 주식변동조사를 포함한 법인통합조사를 사전 통지했고, 이어 세무서에서 실제 사주의 법인자금 착복 혐의를 확인한다며 조세범칙조사까지 실시했는데, 뒤이어 다른 지방청에서 또다시 주식명의신탁 혐의에 대한 증여세 조사에 착수한 사례가 공개됐다.

일반인이 봐도 중복세무조사에 해당할 것 같은데, 해당 납세자가 권리보호요청을 하자 지방청 납세자보호위원회는 중복세무조사로 볼 수 없다는 심의결과를 내놨다. 1.2차 세무조사 과정에서 해당납세자의 주식명의신탁 혐의에 대한 질문.조사 사실을 확인할 수 없었다는 이유에서였다.

그러나 재심의에 나선 국세청 납세자보호위원회의 판단은 달랐다. 중복세무조사라는 것이다.

납보위는 1차 조사 때 주식변동사항을 동시조사 할 것을 통지했고, 2차 조사에서 다른 주주의 주식명의신탁을 확인해 증여세를 과세한 사실에 비춰볼 때, 요청인의 주식명의신탁 여부도 조사한 것으로 보는 것이 타당하고 조세탈루 혐의를 입증할 만한 명백한 자료 등 재조사 사유도 없다고 심의결과를 내놨다.

다음은 국세청이 24일 공개한 국세청 납세자보호위원회의 재심의 시정 사례. 

□ 사실관계
○A지방청은 甲법인을 법인세 통합조사 대상자로 선정하여 90일간 조사한 후 거래처 현장확인, 제출된 해명자료 분석 등을 위해 세무조사 기간의 연장을 신청

□ 지방청 납세자보호위원회 판단
○조사청의 세무조사 기간 연장 사유를 인정하여 조사 기간 연장 신청을 승인

□ 국세청 납세자보호위원회 판단
○세무조사 기간을 연장하여 조사할 필요성은 인정되나 심의일까지의 조사 진행 상황 등을 고려하여
­거래처 현장확인에 소요될 것으로 예상되는 최소한의 기간을 제외한 △일 단축 승인

□ 사실관계
○A지방청은 주식변동조사를 포함한 법인통합조사 사전통지(1차 세무조사)하였고, B세무서는 실사주의 법인자금 착복 혐의를 확인하기 위한 조세범칙조사(2차 세무조사)를 실시하였음.
○C지방청은 甲의 주식명의신탁 혐의에 대한 증여세 조사 착수
○甲은 1․2차 세무조사 시 주식변동사항을 이미 조사하였으므로  甲에 대한 증여세 조사는 중복세무조사에 해당한다고 주장

□ 지방청 납세자보호위원회 판단
○1․2차 세무조사 과정에서 甲의 주식명의신탁 혐의에 대한 질문․조사 사실을 확인할 수 없으므로 중복세무조사로 볼 수 없음.

□ 국세청 납세자보호위원회 판단
○1차 세무조사 시 주식변동사항을 동시조사 할 것을 통지하였고, 2차 세무조사에서 요청인 외 주주의 주식명의신탁을 확인하여 증여세 과세한 사실 등을 볼 때, 
- 甲의 주식명의신탁 여부도 조사한 것으로 봄이 타당하며 조세탈루 혐의를 입증할 만한 명백한 자료 등 재조사의 사유도 없음.

□ 사실관계
○甲법인은 유류 도매업을 영위하는 법인사업자로 계약과 관행에 따라 특정거래처에 상품 판매와 직접 관련된 판매장려금을 지급해 왔음.
○A지방청은 2015사업연도 법인세를 통합조사하면서 甲법인이 접대비에 해당하는 판매장려금을 전액 손금에 산입한 것으로 판단하고 조사 범위 확대 신청

□ 지방청 납세자보호위원회 판단
○명백한 세금탈루 혐의가 다른 과세기간에도 동일하게 있을 것으로 보아 판매장려금 항목에 대해 조사 범위 확대 승인

□ 국세청 납세자보호위원회 판단
○조사 범위 확대는 그 혐의가 명확하고 구체적이어야 하는 것으로 甲법인이 특정거래처에 지급한 판매장려금을 접대비로 볼 수 있는지 여부는 A지방청과 甲법인 간 다툼의 소지가 상당함.
○판매장려금을 지급한 사실만으로는 객관적으로 명백한 세금 탈루 혐의가 있다고 단정하기 어려워 조사 범위 확대 승인 취소

□ 사실관계
○甲법인은 A지방청으로부터 법인세 통합조사를 받고 있음.
○A지방청은 주요 탈루혐의 입증을 위해 금융거래 현장확인이 반드시 필요하고 분석에 많은 시일이 소요될 것을 예상하여 조사가 끝나기 1주일 전 조사기간 연장을 신청

□ 지방청 납세자보호위원회 판단
○금융거래내역 등을 검토하는데 상당한 시일이 소요될 것으로 보아 조사 기간을 연장하기로 의결

□ 국세청 납세자보호위원회 판단
○甲법인이 자료 제출을 거부하거나 고의로 지연 제출한 것으로 볼 수 없고, A지방청이 조사한 내용을 볼 때 납세자가 소명한 사항 외에 구체적인 세무조사 내역이 불분명함.
○조사 종료일이 임박하였고 금융거래 현장확인 필요성이 충분치 아니하므로 기간 연장의 정당한 사유가 있다고 보기 어려움.