종교인소득 과세체계 정비 일환으로 종교단체의 범위, 종교인소득 중 비과세 소득의 범위, 종교인소득 관련 필요경비 등이 시행령에 규정됐다.

종교인과세를 규정한 소득세법시행령 개정안은 종교단체범위에 대해 종교를 목적으로 민법 제32조에 따라 설립된 비영리단체로 규정했다.

또한 비과세 소득은 근로소득과 동일한 수준으로 규정해 △본인학자금 △식사 및 식사대(월 10만원 이하)  △실비변상액 △사택제공이익 등이 적용된다.

필요경비는 소득수준에 따라 차등 적용돼 2천만원 이하는 ‘소득의 80%’,  2 ~ 4천만원 ‘1,600만원 + 2천만원 초과분의 50%’, 4 ~ 6천만원 ‘2,600만원 + 4천만원 초과분의 30%’, 6천만원 초과의 경우 ‘3,200만원 + 6천만원 초과분의 20%’가 적용된다.

퇴직에 따른 소득은 종교인소득(기타소득)이 아닌 퇴직소득으로 분류했다. 퇴직소득으로 분류과세시 근속연수공제, 소득수준별 차등공제(100〜35%) 등을 적용받게 돼 종교인소득보다 세부담이 낮게 발생하며 적용시기는 2018년 1월 1일 이후 소득분부터 적용된다.

이와함께 M&A 세제지원을 강화한 조특법시행령 개정안은 종전의 경우 내국법인(출자법인)이 현물출자로 취득한 지주회사 주식을 처분하는 경우 현물출자시 과세이연된 세액을 추징했지만, 내국법인(출자법인)이 기존지주회사 주식을 이전해 순수지주회사를 설립하는 경우 과세이연이 지속된다.

물적분할법인의 구조조정 지원을 위한 법인세법시행령개정안은  내국법인(분할법인)이 재차 분할됨에 따라 기존 자회사의 주식을 분할로 신설되는 회사에 이전하는 경우 세금납부가 연장된다.

이외에 완전 모·자관계인 외국자회사간 합병시 과세이연의 경우 ‘합병당사법인이 우리나라와 조세조약이 체결된 동일 국가의 법인’과 ‘해당 외국국가에서 내국법인(의제배당)에 대해 비과세 또는 과세이연’ 등 일정요건 충족시 내국법인이 얻는 이익에 대해 과세이연이 허용된다.