"중견·중소기업 R&D 공제는 존속시키고 세액공제 혜택의 대부분을 받고 있는 대기업 공제는 즉시 폐지해야 한다."

6일 국회 기획재정위원회의 기획재정부 종합국정감사에서 대기업 R&D 세액공제 폐지 주장이 나와 관심을 끈다.

윤호중 의원(새정치민주연합)은 "'2015 조세특례 심층평가 보고서'를 분석한 결과, 2013년 기준 세액공제가 대기업에 96.5%(1천527억원) 집중되고 있는 것으로 나타났다"며 대기업에 대한 공제 폐지를 주장했다.

R&D 설비투자 세액공제제도는 1975년 도입된 이후 수차례 개정을 거쳐 왔다.

제도도입 초기 국내 설비에 대해 외국 설비보다 더 높은 공제율을 적용했으나 1990년대 후반부터 국산에 대한 우대 정책 및 일시상각 제도가 폐지되면서 현재와 같은 틀을 갖추게 됐다.

이 제도를 통해 기업들이 공제받은 세금은 2002년 220억원에 그쳤으나 2000년대 후반 1천억원까지 증가한 뒤 지난해 처음으로 2천억원을 돌파할 것으로 예상됐다.

2013년의 경우 금액기준 약 96.5%의 세제지원이 대기업에 집중됐다.

최근 3개년 R&D 세액공제 지원금액과 비중을 보면, ▷2011년 대기업 1천3억원(94.4%), 중소기업 60억원(5.6%) ▷2012년 대기업 1천482억원(95.7%), 중소기업 66억원(4.3%) ▷2013년 대기업 1천537억원(96.5%), 중소기업 56억원(3.5%)이다.

'2015 조세특례 심층평가 보고서'에 따르면, R&D 세액공제 제도가 R&D 투자에 충분한 도움이 됐다고 생각하는 기업이 89.5%로 높게 나타났지만 이 제도가 없었어도 R&D 설비투자의 규모를 줄이지 않았을 것이라는 답변 또한 대기업(79.2%), 중소기업(72.6%)에서 높게 나왔다.

게다가 보고서는 '연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제' 제도는 신고연도 기준 2007년에서부터 2013년까지의 기간 중 기업의 R&D 설비투자를 진작시키는 효과를 발휘하지 못했다고 밝히고 있다.

그동안 R&D 세액공제 개정과 관련해 대기업에 대한 압도적 편중을 지적하며 야당의원들을 중심으로 삭제 또는 축소 목소리가 이어져 왔다.

윤 의원은 "대기업 R&D 세액공제 폐지를 우선 건의한다"고 밝혔다.