지방교부세 산정시 적용되는 기준재정수요액의 산출방식을 지방정부가 임의로 조정할 수 있는 공무원수나 통·리·수 등을 측정단위로 사용하는 것은 산정절차를 불투명하게 만들고 있다는 지적이 제기됐다.

한국조세연구원 김정훈 박사는 지방교부세의 구조분석 및 개선방안이라는 정책보고서를 통해 이같이 밝히고 “지방정부의 표준정원을 측정할 때 사용되는 인구수 면적 가구수 등을 곧바로  기준재정수요액 산정 회귀식에 사용하는 것이 산정절차를 투명하게 할 뿐 아니라  산정의  임의성을 최소화시킬 수 있다”고 주장했다.

金 박사는 이와 함께 기준재정수입액에 대해서도 지방세수입을 기준재정수입액에 포함해 지방정부가 지방세 세수를 확충할 경우 지방교부세가 줄어드는 문제점이 있다고 지적하고 이는 제도적 측면보다는 운영과정의 불명확성으로 발생하고 있다고 꼬집었다.

현행 지방교부세법시행령 제5조제2항에서는 보정수입을 산정할 때 단순히 목적세 및 징수교부금의 80%가 기준재정수입액에 포함된다고 규정하고 있다.