기업의 연구·인력개발 부서에서 근무하는 직원들의 인건비는 세액 공제대상이 되지만 이들의 퇴직급여충당금은 세액 공제대상에 해당하지 않는다는 대법원 판결이 내려졌다.

대법원 1부(주심 고영한 대법관)는 현대자동차가 서초세무서장을 상대로 낸 법인세경정청구거부처분취소 청구소송 상고심에서 원고 승소 판결한 원심을 깨고 원고 패소 취지로 사건을 서울고법에 돌려보냈다고 25일 밝혔다.

재판부는 "연구·인력개발비 세액공제 제도는 기업의 기술·인력개발을 장려하려는 목적으로 일정 금액을 해당 과세연도의 세금에서 공제하는 것"이라며 "해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 해당하는 비용만을 공제 대상으로 삼아야 한다"고 전제했다.

이어 "퇴직금과 같이 장기간 근속기간을 고려해 근로계약이 종료될 때 일시에 지급하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 해당하는 비용이라고 볼 수 없다"며 "퇴직급여충당금이 법인세법상 손금에 해당된다고 해도 정책적 목적의 세액공제 대상인 인건비라고 볼 수 없다"고 설명했다.

현대자동차는 기업부설연구소에 근무하는 직원들에 대한 국민연금과 건강보험료의 사용자 납입액과 퇴직급여충당금 적립액을 세액공제 대상금액에 포함시키지 않고 2008사업연도부터 2010사업연도까지의 법인세 과세표준 및 세액을 신고했다.

이후 현대차는 이 항목들이 세액공제 대상이라며 세무당국에 감액경정청구를 냈지만 국민연금 및 건강보험료의 사용자 납입액 부분만 세액공제 대상으로 인정되자 소를 제기했다.

이에 1·2심은 "퇴직급여충당금은 회사가 직원의 재직 기간 중 사전에 분배해 매기마다 일정액을 비용으로 적립한 것으로 세액공제 대상이 된다고 해도 그 입법취지에 반하지 않는다"며 원고 승소 판결했다.