부가세 중복과세를 피하기 위해 도입된 의제매입세액공제를 마진과세제도로 전환할 경우 중고자동차판매상 등 중고품 사업자의 세부담을 낮추는 효과를 기대할 수 있다는 주장이 제기됐다.

반면, 과세제도의 전환시 납세자의 납세협력비용 및 조세징수비용이 발생할 수 있으며, 더 나아가 농산물에 대해서는 의제매입세액공제를 적용하고 공산품에 대해 마진과세제도를 적용할 경우 동일한 목적의 제도운영에 따른 행정비용 낭비가 초래되는 우려 또한 제기됐다.

국회입법조사처가 최근 발간한 ‘이슈와 논점’에서 이수진 회계사는 ‘중고품에 대하 부가가치세 마진과세제도 도입 논의의 쟁점’을 주제로 한 기고를 통해 세입공제율의 변동과 매입세액의 전가 연부 등의 변수로 인한 중복과세 문제를 원천적으로 해결하기에는 마진과세제도가 더욱 효과적이라고 밝혔다.

이 회계사는 현행 의제매입세액 공제율이 5~9%로, 부가가치세율(10%)을 반영하지 못하는 경우 중복과세의 문제를 해소할 수 없는 등 중복과세 방지라는 당초의 목표달성이 어려운 현실을 지적했다.

특히 정부가 공제율을 주기적으로 조정할 경우 납세자는 세부담이 달라질 수 있어 예측가능성이 낮아지고, 의제매입세액공제제도를 적용받음에도 불구하고 매입세액을 판매가격에 포함하는 등 최종소비자에게 전가할 수 있음을 우려했다.

이와관련, 정부는 의제매입세액공제가 적용되는 각 업종에 대해 상한선을 설정해 올해부터 시행함에 따라 해당 적용을 받는 업종대표단체에서 강한 반발을 사고 있다.

이 회계사는 이와달리 세액계산방식을 마진과세제도로 변경할 경우 이론상 매입세액을 완전히 공제하는 등 현행 의제매입세액공제제도에 비해 중고품 사업자의 세부담을 낮추는 효과를 가진다고 보았다.

이 과정에서 세수 또한 감소할 가능성이 있으나, 이는 완전한 중복과세 문제를 해결하는 과정에서 발생하는 결과임을 덧붙였다.

이 회계사는 특히 의제매입세액공제제도의 공제율을 10/110으로 인상해 부가세율을 완전히 반영하는 경우 의제매입세입공제제도와 마진과세도 모두 중복과세 방지 및 조세중립성 실현이라는 동일한 효과를 거둘 수 있다고 주장했다.

다만, 사업자가 안정적으로 매입세액을 공제받을 고려해 부가세액을 차감한 순매입액을 기준으로 매출액을 책정하는 경우에만 가능하다는 단서를 열거해, 중복과세 문제를 원천적으로 해결하기에는 마진과세제도가 더욱 효과적임을 강조했다.

한편으론, 마진과세제도로 전환할 경우 새로운 제도를 구축·운영하는 과정에서 나세자의 납세협력비용과 조세징수비용이 발생할 수 있다.

실례로, 의제매입세액공제제도하에서 중고품 사업자는 매입에 대한 증빙만 갖추면 되나, 마진과세제도하에서는 매입과 매출에 대한 증빙을 모두 갖추어야 한다.

또한 마진과세 거래자료로 매입세액공제를 다시 받는 등의 부작용을 차단하기 위해 현행 세금계산서·영수증·계산서와 다른 별도의 전용계산서와 이를 관리하는 전산시스템을 갖추야 하는 등 납세협력비용이 증가하게 된다.

비단 납세자 뿐만 아니라 정부기관에서도 추가적인 비용발생이 예상돼, 농산물과 중고품에 대한 공제제도가 다를 경우 동일한 목적을 위해 다른 제도를 운영한데 따른 행정비용 낭비 시비 또한 일 수 있다.

이와관련, 기획재정부는 EU방식의 마진과세방안과 마진과세 적용포기시 의제매입세액공제를 허용하는 병행 방식 모두 현행제도를 전편 개편하는 등 비용이 크다는 의견을 국회 기획재정위원회 조세소위원회에 보고한 바 있다.

이 회계사는 이에따라, 현행 의제매입세액공제제도를 유지하면서 공제율을 상향 조정하고 공제대상을 확대하는 등 제도를 보완하는 방법과, 다른 한편에서는 마진과세제도를 도입하는 방안을 검토해 중복과세 문제를 해결하고 자원 재활용을 촉진하기 위한 합리적인 방안을 도출해야 한다고 제시했다.

※의제매입세액공제- 세금계산서를 발행할 수 없는 자로부터 재화를 매입한 과세사업자가 매입금액의 일정비율을 매입세액으로 의제하여 매출세액에서 공제받는 제도.

※마진과세제도- 세금계산서를 발행할 수 없는 자로부터 재화를 매입한 과세사업자가 자신의 마진(판매가격-구입가격)을 부가가치세 과세표준으로 해 일정한 비율을 곱해 계산한 금액을 부가가치세로 납부하는 제도.