2003~2011년까지 최근 9년간 세무조사를 받은 공공기관의 세금추징액이 1조1천731억원에 달한 것으로 나타났다.

국회 기획재정위원회 이만우 의원(새누리당)이 국세청으로부터 제출받은 '공공기관 세무조사 추징 현황' 자료에 따르면, 같은 기간 공공기관의 건당 평균 세금 추징액은 83억3천200만원이었다.

공공기관의 연도별 세무조사 건수 및 추징세액은 2003년 13건 1천628억원, 2004년 28건 375억원, 2005년 16건 247억원, 2006년 8건 998억원, 2007년 17건 4천138억원, 2008년 18건 1천285억원, 2009년 10건 469억원, 2010년 25건 1천534억원, 2011년 22건 1천57억원. 

또한 공공기관 건당 평균 세금 추징액은 개인사업자 1억1천400만원의 73배, 법인사업자 6억9천200만원의 12배에 달했다.

같은 기간 개인사업자 조사 건수 및 부과세액은 3만4천716건 3조8천146억원, 법인사업자는 4만2천241건 27조9천681억원이었다. 

수입금액 500억원 이상 대법인의 평균 세무조사 추징액 27억원과 비교하더라도 공공기관 추징액이 3배나 높은 것으로 분석됐다.

이 의원은 "공공기관 세무조사 추징액이 많은 것은 통상적으로 공공기관의 매출액이 크고 세무조사 적발 대상 수가 적은데서 비롯된 측면이 크지만, 추징사유의 대부분이 세법해석, 귀속시기, 손금불인정 등임을 감안하면 공공기관 회계담당자의 전문성 부족이 가장 주요한 요인으로 파악된다"고 분석했다.

실제로 지난 2010년 5~8월 조사를 받은 K사의 경우는 부가세 공통매입세액 안분 부적절, 건설관련 비용에 대한 손금산업 부적절 등으로 세액을 추징당했으며, 지난해 7~8월 조사를 수감한 H사 역시 부가세 공통매입세액 불공제 안분계산식에 정부출연금을 포함하는 등으로 세액을 추징당했다.

또 2008년 10~11월 조사를 받은 H사는 비수익사업 분야의 비용 추가, 접대성 경비 추가 등으로, 2010년 8~9월 조사를 수감한 H사는 국고보조금 익금산입 및 이월결손금 손금불산입 처분 등이 적발됐다.
  
이 의원은 이에 따라 공공기관 세무조사 추징세액을 줄이기 위해서는 공공기관 회계담당자에 대한 세법 및 회계교육 강화가 필요하고 국세청에서 정기적으로 회계담당자에 대한 교육을 실시해야 한다고 권고했다.