감사원이 서울지방국세청에 대해 감사를 실시한 결과 부실한 세무조사로 법인세를 부족하게 징수하거나, 기본적인 세액 계산을 실수하거나, 세무조사 대상자를 잘못 선정하는 등 허점이 드러났다.

감사원은 서울지방국세청의 2010년도 이후 업무전반에 대해 지난 1월26일부터 2월22일까지 20일 동안 현장확인감사를 실시한 결과를 7일 공개했다.

감사 결과에 따르면, 조사팀장 A씨는 조사대상 법인이 업무 무관 부동산을 양도했는데도 업무무관 부동산 보유에 따른 차입금의 지급이자를 손금 산입하도록 내버려 둬 170억원 가까운 법인세를 징수하지 못했다.

법인세법에 따르면 법인 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 부동산을 보유하는 경우에는 그에 상당하는 차입금 지급이자는 손금 불산입하도록 돼 있다.

아울러 부동산을 취득한 후 계속해서 업무에 사용하지 않고 양도한 경우에는 유예기간 적용을 배제하고 취득일부터 양도일까지의 기간을 업무와 관련이 없는 것으로 봐 차입금의 지급이자를 손금불산입해야 한다.

또 B 조사관은 상속세 조사과정에서 배우자 상속공제 한도를 산정함에 있어 '상속재산 가액에 법정상속분을 곱한 후 배우자에 대한 증여세 과세표준을 차감한 금액'으로 계산해야 함에도 불구하고, '상속재산 가액에서 배우자에게 증여한 과세표준을 먼저 차감한 후 법정상속분을 곱한 금액'으로 계산하는 실수를 범했다.

결과적으로 배우자 상속공제를 과다하게 적용해 3억6천만원 가량의 상속세를 부족 징수한 꼴이 돼 버렸다.

C세무서의 경우는 부당행위계산부인 누락으로 113억여원을 징수하지 못했다. 법인이 담보채무 대위변제를 위해 결손법인에 대해 유상증자한 자금 중 지분법평가손실에 반영한 447억여원을 부당행위계산으로 손금부인하지 않고 법인이 신고한 법인세 과세표준 및 세액신고서를 그대로 인정한 것.

국세청 질의회신에 따르면, 국내 주권상장법인이 100% 출자하고 있는 법인에 대한 유상증자가 청산이 예정된 상태에서 본래의 유상증자 목적보다는 모법인의 자회사에 대한 채무보증액 대위변제를 위한 것으로서 조세부담을 부당하게 감소시키는 등 경제적 합리성이 결여된 것으로 인정되는 경우에는 주식처분손실에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용해야 한다.

이와 함께 D세무서는 모 법인에 대해 법인세 통합조사를 실시하면서 법인이 주식을 소각해 의제배당소득에 대한 종합소득세를 징수하고 배당소득세를 원천징수해야 함에도 불구하고 누락한 사실이 적발되기도 했다.

이밖에 서울청은 2010년 개인사업자 정기조사 대상자를 선정하면서 2008년 귀속 종합소득세 신고시 장부기록을 이행하지 않은 추계사업장이 있어 장기 계속 성실사업자의 요건을 충족하지 못한 법인과, 2008년 귀속 사업수입금액에 따른 주업종이 부동산임대업에 해당해 장기계속 성실사업자의 요건을 충족하지 못한 법인을 국세청에서 시달한 '장기계속 성실사업자 명단'에 포함돼 있다는 사유로 사실여부를 확인하지 않은 채 조사대상에서 제외했다 감사에서 적발됐다.