중소기업 투자세액공제 적용기한이 3년 연장되고, 창업중소기업에 대한 세액감면 기간도 4년에서 5년으로 확대된다.

또 산업기술 유출로 인한 중소기업의 피해를 방지하기 위해 중소기업의 기술유출 방지시설 투자에 대한 세액공제율이 3%에서 7%로 인상된다.

기획재정부는 8일 이같은 내용의 2012년 세법개정안을 마련, 9월말 정기국회에 제출할 예정이라고 밝혔다.

개정안에 따르면, 엔젤투자 활성화를 위해 개인이 벤처기업에 직접 투자하는 경우 투자금액에 대한 소득공제율을 20%에서 30%로 인상키로 했다. 

아울러 벤처기업의 창업 활성화를 위한 세제 지원 제도 적용기한도 2014년 12월31일까지 2년간 연장키로 했다.

현재 중소기업창업투자회사가 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 등의 양도차익 및 배당소득에 대해서는 법인세를 비과세하고, 개인이 벤처기업에 직접 또는 중소기업창업투자조합을 통해 출자해 취득한 주식 등의 양도차익에 대해서는 양도소득세를 비과세하고 있다.

또 개인이 중소기업창업투자조합에 출자시 출자금액의 10%(벤처기업 직접투자는 20%→30%)를 소득공제해 주고 있다.

개정안은 이와 함께 일자리 창출을 지원하기 위해 창업중소기업 등에 대한 세액감면 기간을 4년에서 5년으로 확대하고, 적용기한을 3년간 연장키로 했다.

아울러 재창업 지원자금(중소기업진흥공단 지급)을 받은 기업인을 지원하기 위해 징수유예기한 특례 적용대상도 확대된다.

이에 따라 직전사업연도 수입금액 기준이 현행 6억원 이하에서 10억원 이하로 확대되고, 체납액·결손처분액 기준은 현행 500만원 미만에서 1천만원 미만으로 완화된다.
중소기업 기술유출 방지시설 투자세액공제율 7%로 인상
중소기업 구조조정 조세특례 항구화
 
중소기업간 통합으로 소멸하는 기업이 통합법인에 양도하는 사업용 고정자산에 대한 양도소득세 이월과세를 영구적으로 적용하고, 주주가 주식을 처분하거나 법인이 사업을 폐지하는 경우 이월된 양도소득세를 추징하는 등 사후관리제도를 도입키로 했다.

개인사업자가 법인으로 전환하면서, 신설되는 법인에 양도한 사업용 고정자산에 대한 양도소득세 이월과세제도도 항구화된다.

이와 함께 지역경제 활성화를 위해 농공단지 입주기업에 대한 조세지원제도 적용기한을 3년간 연장하되, 기업도시에 한해 적용되고 있는 이전기업에 대한 세액감면은 주변지역의 공동화 우려 등을 고려해 적용기한을 종료키로 했다.

창업자·벤처기업  출자에 대한 과세특례 적용기한도 2년간 연장된다.

현재 중소기업창투조합이 출자한 창업자·벤처기업 주식과 출자후 3년이 경과된 벤처기업 주식, 장외호가중개시장에서 거래되는 벤처기업의 소액주주 주식은 양도시 양도소득세가 비과세된다.

또한 중소기업 정보화 지원사업 출연금을 전사적 기업자원관리설비·전자상거래 설비 등에 사용한 경우 손금산입을 허용하는 과세특례제도의 적용기한은 3년간 연장키로 했다.

이밖에 사업전환 중소기업 및 무역조정기업에 대한 세액감면 적용기한을 3년 연장하고, 중소기업 최대주주 할증평가 적용배제 적용기한도 2년 늘리기로 했다.