2012년부터는 두 채 이상의 주택을 보유한 경우에도 양도소득세 장기보유특별공제를 적용한다고 한다. 장기보유특별공제는 오랜 기간 동안 부동산을 보유하면 양도차익의 일정비율을 과세대상소득에서 공제하는 제도로， 1주택의 경우에는 3년 이상 보유하면 연 8%씩 최대 80%(10년 보유)까지 공제하고, 2주택 이상의 경우에는 3년 보유시 10%, 4년 보유시 12%, 이후 매년 3%씩 최대 30%(10년 보유)까지 공제한다.

　장기보유특별공제는 부동산의 투기적 거래를 억제하고 실수요 중심의 장기보유를 유도하는데 목적을 둔 것으로 판단된다. 부동산과 같은 실물자산은 물가가 상승하면 가격이 오르기 때문에 오래 보유하면 양도차익이 많이 발생하게 된다. 그러나 양도차익이 많다는 사실 자체가 수익이 많이 발생했다는 것을 의미하지는 않는다. 물가상승 효과를 제거하고 실질가치로 평가해 보면 금전적으로 평가한 양도차익보다 훨씬 적을 수도 있으며, 경우에 따라서는 명목적(또는 금전적)으로 수익이 발생했지만 실질가치로는 손실이 발생한 것으로 나타날 수도 있다. 부동산을 단기간 보유하는 경우에는 이러한 문제가 크지 않으나 오랜 기간 보유하는 경우에는 명목수익과 실질수익의 차이가 상당히 클 수 있다. 이러한 관점에서 보유기간에 따라 양도차익에서 일정액을 차감하도록 하는 장기보유특별공제제도는 중요한 의미를 가진다.

　그런데 공제율을 양도차익의 일정률로 정한 것에 대해서는 논리적 근거를 찾기 어렵다. 수익률이 얼마나 되는지, 명목수익과 실질수익의 차이가 얼마나 되는지에 관계없이 양도차익에 일정률을 적용해 공제액을 산출하므로 실질적으로는 수익이 없거나 손실이 발생했음에도 불구하고 세금을 납부해야 하는 상황이 발생할 수 있으며, 이는 부동산의 장기보유를 억제하는 요인이 될 수 있다.

　장기보유에 대한 특별공제의 의미를 어디에 두는지에 따라 차이가 있겠지만 물가 상승, 투자에 따른 비용을 고려해 보유기간이 길어짐에 따라 세부담이 증가하는 것을 방지하는데 목적을 둔다면 양도차익의 일정률이 아니라 취득가액의 일정률로 연간 공제액을 계산하는 것이 타당할 것이다. 이 때 공제율은 물가상승을 고려해 실질가치를 반영하는데 초점을 맞춘다면 물가상승률에 상응하는 비율을 사용하고, 부동산 보유에 따른 기회비용을 공제한다는 관점에서 본다면 이자율의 관점에서 공제율을 책정하는 것이 바람직할 것이다.

　부동산 양도소득을 불로소득 또는 사회에 부정적인 영향을 주는 투기소득으로 간주해 높은 세율로 과세하는 것이 바람직하다는 주장이 있다. 주택을 두 채 이상 보유한 자의 양도차익에 대해서는 낮은 수준의 공제율을 적용하고, 또한 최근 몇 년간은 그나마 공제를 허용하지 않았던 것은 그러한 논리에 근거를 둔 것이라고 할 수 있다. 다른 한편으로는 과다한 세금이 시장에서의 거래를 위축시켜 경제의 효율성을 저해한다는 주장도 있다. 2012년부터 2주택 이상의 경우에도 장기보유특별공제를 허용하기로 한 것은 부동산시장이 안정됨에 따라 후자의 논리가 더욱 중요하게 부각됐기 때문인 것으로 판단된다.

　현행 과세제도 하에서는 이 두 가지 논리가 모두 타당성을 갖는다. 양도차익에 독점적 지대 또는 투기적 이익에 해당하는 것도 포함되고 정상적인 투자소득 또는 투자에 대한 기회비용도 포함되기 때문이다. 그러므로 정치·경제적 상황에 따라 어느 한 쪽이 강조되고 다른 쪽이 무시돼 정책이 방향을 잃게 된다. 그런데 취득가액에 일정률을 곱해 공제율을 설정하는 방식으로 하여 장기보유특별공제를 기회비용과 독점적 이익을 구분하는 수단으로 활용한다면 이러한 조세정책 방향에서의 갈등을 쉽게 해결할 수 있다. 장기보유특별공제액은 기회비용으로서 과세대상에서 제외하고 이를 초과하는 부분에만 과세한다면 과세대상 소득은 독점적 이익에 해당되므로 시장에 미치는 부정적인 영향을 크게 우려하지 않고 비교적 높은 세율로 세금을 부과할 수 있기 때문이다.

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