양도 당시 공익사업시행자로 지정되지 않았으나 양도 후 사업시행자로 지정된 경우에도 기준시가 과세특례 적용요건인 '당해 사업시행자에게 양도한 경우'에 해당한다는 취지의 결정이 나왔다.

감사원은 최근 A씨가 "기준시가 과세특례를 인정받는 '당해 사업시행자'는 부동산 양도 전 또는 후에 양수인이 사업시행자로 지정되는 경우 모두가 해당된다"며 낸 '양도소득세 경정청구 거부에 관한 심사청구'에 대해 A씨의 손을 들어줬다.

감사원에 따르면 A씨는 1988년9월3일 임야를 취득해 보유하다가 2006년10월25일 청구외법인에게 1억5천만원에 양도하고, 2006년11월15일 임야 양도에 대해 실지거래가액을 기준으로 계산한 양도소득세 1천488만8천860원을 신고했다.

청구외법인은 2006년9월15일 B시장에게 임야를 도시계획시설(체육시설)로 결정해 달라는 주민제안서를 제출했고, 2007년2월8일 B시장으로부터 도시관리계획으로 반영할 계획임을 통보받았다.

이후 2008년4월21일 B시장은 청구외법인을 도시계획사업 시행자로 지정하고 실시계획인가를 결정·고시했다.

그러자 A씨는 2009년12월17일 임야의 실지거래가액을 기준으로 산정해 이미 신고한 양도소득세를 기준시가로 재산정해 경정청구를 했다.

처분청은 그러나 "임야의 양도 당시에는 양수인인 청구외법인이 공익사업시행자로 지정되기 이전으로 기준시가 과세특례 적용요건인 '당해 사업시행자에게 양도하는 경우'가 아니다"며 경정청구를 거부했다.

감사원은 이에 대해 "구 '조세특례제한법'과 '국토의 계획 및 이용에 관한 법률' 등에는 시행자로 인정되기 위한 요건으로 사업시행인가를 받아야 된다는 규정을 두고 있지 않고 있다"며 "과세형평상 사업시행인가 이전에 사업시행에 협조해 미리 토지를 양도한 자에게 사업시행인가 이후에 양도한 자와 비교해 더 불리하게 과세특례규정을 특별히 배제해야 할 합리적 이유가 보이지 않는다"고 설명했다.

이어 "사업시행자가 도시계획사업을 시행하고자 하는 경우에는 사업시행계획 등을 첨부해 시장 등으로부터 사업시행인가를 받도록 하고 있는데, 이는 사업시행인가를 받기 전에도 사업시행자로 인정될 수 있음을 전제로 한 규정"이라며 "양도 당시 청구외법인이 도시계획사업시행자로 지정되지 않았다는 사유로 경정청구를 거부한 것은 타당하지 않다"고 결정했다.