실지거래가액을 기준으로 해 양도소득세를 신고했다가 기준시가를 기준으로 계산해 경정청구한 경우는 경정청구거부 사유가 되지 않는다는 취지의 결정이 나왔다.

감사원은 최근 A씨가 "공익사업시행자에게 임야를 양도하고 실지거래가액으로 신고한 후 다시 기준시가로 양도세를 재계산해 경정청구한 데 대해 처분청이 구 '조세특례제한법' 규정을 사유로 거부처분을 한 것은 부당하다"며 낸 심사청구에 대해 경정청구 거부처분 취소를 결정했다.

구 '조특법'에는 '지정지역 내 부동산을 공익사업시행자에게 양도할 경우 양도 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다'고 규정하고 있다.

다만, 단서에 '소득세법 규정에 의해 양도 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니한다'고 규정하고 있다.

감사원에 따르면, A씨는 임야를 1987년3월28일 취득해 보유하다가 2006년5월9일 청구외법인에게 23억2천만원에 양도했다.

이후 2006년7월30일 A씨는 처분청에 임야 양도에 대해 실지거래가액을 기준으로 산정한 양도소득세 4억9천288만5천520원을 예정신고 했다.

청구외법인은 2006년9월15일 某 지역 시장에게 이 임야를 도시계획시설(체육시설)로 결정해 달라는 주민제안서를 제출했고, 2007년2월8일 시장으로부터 도시관리계획으로 반영할 계획임을 통보받는 등 사실상 도시계획사업 시행자로서의 역할을 수행했다.

2008년4월21일 시장은 청구외법인을 '국토의 계획 및 이용에 관한 법률' 규정에 따라 도시계획사업 시행자로 지정하고 실시계획인가를 결정·고시했고, 도지사도 이 임야에 건설될 골프장을 도시계획시설(체육시설)로 결정·고시했다.

이에 A씨는 2009년12월30일 이 임야 양도에 대해 실지거래가액을 기준으로 산정해 이미 신고한 양도소득세를 기준시가로 산정해 경정청구를 했다.

A씨의 경우는 지정지역 내 부동산을 그 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 등의 지정일 전에 취득해 2006년12월31일 전에 공익사업시행자에게 양도했으므로 구 '조특법' 기준시가 특례요건에 해당한다.

처분청은 그러나 "구 '조특법'에는 기준시가 과세의 예외를 인정하고 있으나, 단서에 '양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니한다'고 돼 있어 실지거래가액으로 신고한 경우 기준시가로 경정청구를 할 수 없다"며 경정청구 거부처분을 했다.

감사원은 이와 관련 "구 조특법 단서의 내용은 실지거래가액으로 신고하는 모든 경우에 양도 및 취득가액을 기준시가로 해 경정청구를 할 수 없다는 취지가 아니고 실지거래가액이 기준시가로 산정한 가액보다 적을 경우에는 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 불이익을 받지 않도록 하는 취지로 보아야 할 것"이라고 설명했다.

이어 "양도세를 실지거래가액으로 산정해 신고했다는 사유로 경정청구 거부처분을 한 것은 타당하지 않다"며 경정청구 거부처분 취소 결정을 내렸다.