한국도로공사가 고속도로 휴게소 양도 시 부가가치세를 징수해야 했음에도 면제대상으로 잘못 판단해 7천여만원을 징수하지 않아 1억원이 넘는 손실이 발생한 것으로 감사원 감사에서 드러났다.

10일 감사원이 발표한 한국도로공사 결산감사 결과에 따르면, 한국도로공사는 지난 2001년 11월29일 착공해 건설 중이던 부산·울산고속도로를 2006년5월12일 舊 건설교통부와 A사가 실시협약을 체결해 민자유치사업으로 전환함에 따라 같은 해 9월25일 건설 중이던 부산·울산고속도로와 휴게소를 A사에 양도하고 기투자액 등 2천746억2천100만원을 회수했다.

한국도로공사는 그러나, 건설 중이던 부산·울산고속도로를 양도할 때는 양도자산 중 부가가치세 과세 대상인 휴게소 공급가액 6억9천543만4천540원의 10%에 해당하는 부가세를 A사로부터 징수해야 했지만, 휴게소 부분을 포함한 양도 자산 전체를 부가세 면제 대상으로 잘못 판단해 징수하지 않았다. 

'조세특례제한법' 등에 따르면 한국도로공사가 고속도로 유지·관리 등 '한국도로공사법'에 규정된 사업을 위해 공급하는 재화 및 용역은 부가세를 면제하나 휴게소 등 부동산임대업과 관련된 재화 및 용역의 공급은 부가세 과세대상으로 거래상대방으로부터 공급가액의 10%에 해당하는 부가세를 징수하도록 규정돼 있다.

그 결과 지난 4월27일 중부지방국세청으로부터 부가세 1억393만2천691원(가산세 포함)을 납부하도록 과세예고 통지를 받아 공사의 손실이 불가피하게 됐다고 감사원은 지적했다.

감사원은 "앞으로 휴게소 임대료 등 부가세 과세대상 재화 및 용역 공급 시 부가세를 징수하지 않아 공사에 손실이 발생하는 일이 없도록 세무 관련 업무를 철저히 하라"며 "관련자에게는 주의를 촉구하라"고 조치했다.

감사원은 이 외에도 ▲도로교통연구원 부지 매입 관련 회계처리 등 부적정 ▲건설자금이자 회계처리 부적정 ▲유형자산 감가상각비 회계처리 부적정 ▲대손충당금 회계처리 부적정 ▲유가증권 회계처리 부적정 ▲충당부채 회계처리 부적정 등을 지적했다.