공기업과 준정부기관 상당수가 감사인선임위원회를 설치하지 않거나 내부규정에 따른 절차없이 회계감사인을 선임해 공정성과 투명성이 미흡한 것으로 드러났다.

더욱이 회계처리 오류로 자산·부채를 과소계상하거나 지분법 적용주식에 대해 취득원가로 계상해 이익을 과다 계상하는 등 회계처리기준을 위반하는 가하면, 명백한 회계기준 위반행위를 감사인이 발견하지 못하는 등 감사가 부실했던 것으로 조사됐다.

21일 감사원이 밝힌 공기업과 준정부기관의 2007년과 2008년 회계연도 회계감사보고서의 적정성 점검 결과에 따르면, '공공기관의 운영에 관한 법률(공운법)'에 따라 외부회계감사를 받아야 하는 97개 공기업과 준정부기관 중 한국환경자원공사를 포함한 28곳에서 감사인선임위원회를 설치한 후 외부회계감사인을 선정해야 하지만 감사인선임위원회를 설치하지 않고 감사인을 선임하거나 감사인 선정기준 또는 절차 등 내부규정 없이 임의로 감사인을 선정했다.

또 국립공원관리공단 등 10개 기관은 감사인선임위원회는 구성했으나 평가기준 및 절차 등을 정하지 않고 임의로 선정하는 등 위원회를 제대로 운영하지 않고 있었다.

중소기업기술정보진흥원은 2009회계연도 개시일로부터 11개월이나 지난 시점까지 감사인을 선정하지 않았으며, 도로교통공단 등 25개 기관은 회계연도 개시일로부터 6개월이 지난 이후에야 감사인을 선정하는 등 회계감사인 선정 및 회계감사계약 체결을 지연했다.

한국광해관리공단 등 74개 기관은 회계감사계약을 결산확정일(통상 매년 2~3월)이 훨씬 지난 6월 이후에야 회계감사계약을 체결했다.
더욱이 감사인의 회계감사 업무수행 기간을 연속하는 3개 회계연도로 하되, 회계감사계약은 1년을 단위로 회계연도마다 체결하지만, 한국가스공사 등 5개 기관은 2~3년 장기계약으로 회계감사계약을 체결했다.

한국철도공사 등 7개 기관은 감사인 선정 입찰공고 시 입찰참가 제한사유(실적, 매출규모 등)가 아닌 '공인회계사 수 500인 이상 회계법인'으로 자격을 제한하는 등 입찰참가자격을 과도하게 제한하고 있었다.

또 한국철도공사는 2007년 재무회계관련 용역을 수행한 공인회계사가 2008회계연도 감사에 참여했고, 환경관리공단 등 4개 기관에서 회계감사를 수행하고 있는 공인회계사와 업무관련 용역계약을 체결했다.

농수산물유통공사 등 2개 기관은 회계감사를 수행했던 공인회계사와 회계연도 종료일 2년 이내에 업무관련 용역계약을 체결했다.

감사원은 또 회계감사보고서 및 결산의 적정성을 점검한 결과, 5개 기관에서는 회계처리 오류로 자산부채를 과소 계상하거나 지분법 적용주식에 대해 취득원가로 계상해 이익을 과다하게 부풀렸다고 지적했다.

감사원은 이에 해당 공공기관에 주의를 요구하고 회계감사인에 대해서는 부실회계에 대한 제재를 가하도록 금융위원회에 통보했다.