종합소득세 신고·납부시 수입금액을 누락해 실지조사결정에 의해 과세처분을 받은 경우 필요경비를 인정받기 위해서는 납세의무자가 직접 입증해야 한다는 취지의 결정이 나왔다.

감사원은 최근 A학원을 운영하는 B씨가 "수입금액 누락액에 대응하는 필요경비를 인정해 종소세를 경정해 달라"는 주장에 대해 이같이 결정했다.

감사원에 따르면 B씨는 A학원을 운영하면서 학원수입금액에 대해 2005년 및 2006년 귀속분 종합소득세를 신고·납부했다.

2008년 11월 국세청은 B씨에 대해 개인제세 통합조사를 실시해 B씨가 A학원에 대한 2005년 귀속 종소세를 신고할 때 수입금액 10억197만5천635원, 2006년 귀속 종합소득세를 신고할 때 수입금액 5억1천843만3천708원 등 총 15억2천40만9천343원을 누락했다는 것을 확인했다.

국세청은 이에 금융거래증빙 등으로 업무 관련성 및 지급사실이 확인된 2005년 귀속분 7억6천197만1천164원, 2006년 귀속분 6억8천404만1천478원 등 총 14억4천601만2천642원을 필요경비로 추가 인정해 C세무서에 통보했다.
 
이후 B씨는 2009년2월2일 국세청으로부터 세무조사결과통지를 받고, 같은 달 25일 과세전적부심사를 청구했다.

국세청은 2009년8월28일 B씨의 과세전적부심사청구 중 2006년 귀속분 필요경비 208만8천원 부분만 채택하고 나머지 청구를 불채택하는 과세전적부심사결정을 했다.
 
이에 따라 C세무서는 국세청의 통보 및 과세전적부심사결정을 근거로 2009년9월1일 B씨에게 2005년 귀속분 종소세 1억2천310만2천240원(가산세 포함)을 부과하고 2006년 귀속분 종소세 1천848천790원을 환급하는 것으로 경정·고지했다.

B씨는 그러나 "누락했던 수입금액에 대응하는 2005년 귀속분 필요경비 1억8천993만2천617원, 2006년 귀속분 필요경비 9천995만원은 A학원의 일일금전출납부, 결산표 등으로 업무 관련성 및 지급사실이 인정되는데도 국세청이 정당한 이유 없이 이를 필요경비로 인정하지 않고 부과처분이 이뤄졌다"라며 "이는 국세기본법 등에 위배되는 것으로 위법하다"고 감사원에 심사청구했다.

감사원은 이에 대해 "필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 입증이 곤란한 경우가 있다"라며 "입증이 곤란하거나 당사자 사이의 형평 등을 고려해 납세의무자로 하여금 입증하게 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 이념에 부합한다"라고 밝혔다.

이어 "수입금액 누락분에 대해 실지조사결정에 의해 과세처분을 할 경우에 그 누락분에 대응하는 필요경비가 존재한다는 점에 대해는 납세의무자가 주장·입증해야 한다"라며 "B씨가 학원 사업과 관련해 지출됐다고 주장하는 차량임차료, 복리후생비 등은 B씨가 지배하는 학원 사업 영역 안에서 지출된 것일 뿐만 아니라 통합조사에서 수입금액 누락이 확인되자 그때서야 비로소 그에 대응하는 필요경비가 있다는 것을 주장했으므로 B씨가 필요경비의 존재에 대해 입증해야 할 것"이라고 지적했다.
 
또한 "B씨가 필요경비로 인정해 달라는 금액 중 어떤 금액이 언제 어디에 어떤 용도로 지출되었는지를 구체적으로 적시해 주장하지 않고, 학원장부상 금액에서 당초 종소세 신고금액 및 통합조사시 인정된 금액을 뺀 나머지 금액 모두를 필요경비로 더 인정해 달라는 취지의 주장만을 하고 있어 필요경비로 인정하기가 어렵다"라며 "청구인의 주장은 이유 없다"라고 결정했다.