① 퇴사때 약식 연말정산을 한 중도퇴직자 = 직장에서는 퇴직자에게 소득공제 서류제출을 요구하지 않고 기본적인 공제만 신청, 약식으로 연말정산을 한다. 이에 당해 연도에 재취업하지 않은 퇴직자는 의료비, 신용카드, 보험료 공제, 주택자금공제, 기부금공제 등을 놓친다.

② 사생활 보호를 위해 자진해서 소득공제를 누락한 근로자 = 불임치료를 받고 있거나 부양가족(배우자, 자녀)이 장애인이라는 사실 등을 직장에 알리고 싶지 않은 경우, 배우자가 실직인 사실이나 사업부진을 알리고 싶지 않아 배우자공제를 받지 않는 경우

③ 회사에 알려지면 불이익이 우려돼 누락한 근로자 = 본인 의료비 과다지출, 본인이 장애인인 사실, 야간대학을 다니고 있는 사실 등을 회사에서 알게 되면 불이익을 당할까봐 교육비공제를 자진해서 누락한 경우

④ 불가피한 이유로 증빙서류를 제때 제출하지 못한 근로자 = 휴직, 연말정산시기에 출산ㆍ퇴직ㆍ사고로 입원한 경우, 해외출장이나 외항선을 승선한 경우, 장기 입원으로 공인인증서 갱신을 못하여 연말정산 간소화시스템을 이용 못한 경우

⑤ 복잡한 세법을 잘 몰라 놓쳤다가 소득공제 가능한 사실을 나중에 알게 된 근로자 = 암 ㆍ중풍ㆍ치매ㆍ 난치성질환 장애인공제, 건강보험증에 등재 않아도 따로 사는 부모님 공제, 형제자매 대학교육비 공제, 맞벌이부부 배우자 의료비공제, 따로 사는 부모님 공제받는 미혼여성세대주도 부녀자공제 등을 많이 놓친다.

⑥ 부모님 소득공제 자료 제공동의를 받지 못한 경우 = 따로 사는 부모님의 소득공제자료 제공동의를 받지 못하거나 늦게 받아 부모님 간소화시스템에서 의료비를 챙기지 못한 경우

⑦ 연말정산 간소화시스템의 의료비 금액이 실제 의료비보다 적은 경우

⑧ 현금영수증 사이트에서 휴대폰 번호를 등록하지 않았거나 바뀐 번호로 수정하지 하지 않아 현금영수증(신용카드)공제를 놓친 경우

⑨ 소득공제신청서를 잘못 기재하는 등 본인이 실수한 경우 = 영수증을 첨부했지만 신청서에 기재하지 않은 경우, 불입액 총액을 기재해야 하는데 공제액을 기재한 경우, 연금저축을 개인연금으로 잘못 기재한 경우

⑩ 회사가 환급금을 주지 않을 가능성이 있어 자진하여 누락 = 임금이 체불되거나 부도위기에 처한 회사를 다니는 경우 환급금을 받지 못할 가능성이 높아 직장에서 실시하는 연말정산 때에는 최소한의 공제만 받기도 한다.