종교사업에 사용하기 위해 취득한 부동산을 취득한 날로부터 3년 이내에 종교사업에 직접 사용하지 않고 수익사업에 사용했다면 중과세율을 적용해 가산세를 부과하는 것은 정당하다는 결정이 나왔다.

감사원은 최근 A씨가 "부과처분이 부과제척기간이 지난 뒤에 이루어진 위법한 처분이고, 부과처분을 하면서 가산세를 부과한 것이 부당하다"며 제기한 '등록세 부과에 관한 심사청구'를 기각했다.

감사원에 따르면 A씨는 지난 2001년3월9일 영성훈련 및 선교사 훈련, 선교사 행정 지원 및 관리 등을 목적사업으로 하는 사단법인을 설립했다.

또 2002년2월14일 지하1층, 지상 3층 건물과 대지를 취득한 후 종교사업에 사용하기 위해 취득했다는 사유로 취득세 등을 비과세로 신고했다.

이후 A씨는 이 부동산 중 일부를 임대를 하고, 취득한 날로부터 3년 이내에 종교사업에 직접 사용하지 않고 임대한 데 대해 2003년8월21일 및 같은 해 11월22일 일반세율을 적용해 취득세(1천313만6천130원)와 등록세(2천149만5천520원)를 각각 신고·납부했다.

처분청은 이에 대해 지난 2008년4월8일 A씨가 취득한 부동산이 대도시 내 법인설립 후 5년 이내에 취득한 부동산으로서 등록세 중과대상에 해당한다고 보고, 중과세율을 적용해 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감해 등록세 4천299만1천50원, 지방교육세 788만1천680원 등 총 5천87만2천730원(가산세 788만1천680원 포함)을 부과·고지했다.

A씨는 이에 "처분청이 2002년2월5일 보낸 '지방세감면 통지서'에 의하면 등록세의 세율은 일반세율 3%를 적용한 뒤 등록세 감면을 결정했고, 2003년5월12일 처분청이 수익사업에 사용된 면적에 대한 등록세를 안내할 때에도 일반세율로 안내했다"라며 "이 사건 부과처분은 새로운 감면취소 사유의 발생으로 인한 것이 아니라 당초 세율적용의 오류에서 발생된 것이므로, 등록세 납세의무 성립일인 등기일(2002년2월14일)부터 5년이 경과돼 부과 제척기간이 지난 위법한 처분이다"라고 강조했다.

또 "처분청의 지방세 감면 내용 등을 신뢰해 임대사업을 계속하기로 결정하고 납세의무까지 충실히 이행했는데도 부과처분을 하면서 가산세까지 부과한 것은 부당하다"고 주장했다.

감사원은 이에 대해 "비영리사업자가 종교를 목적으로 하는 사업에 사용하기 위해 취득·등기하는 부동산에 대해서는 등록세를 비과세하되, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 목적사업에 사용하지 않으면 등록세를 과세하고, 대도시 내에 설립된 법인의 설립 후 부동산 등기에 대해서는 일반세율의 3배로 등록세를 중과세한다"라며 "비과세 받았던 부동산이 과세 대상이 된 때에는 30일 이내에 소정의 세율을 적용한 세액을 신고·납부해야 하는데, 부과의 제척기간은 신고·납부기한의 다음날부터 5년이다"라고 밝혔다.

이어 "A씨가 부동산을 취득·등기한 날짜는 2002년2월14일이고, 임대한 날은 2003년7월 31일과 같은 해 10월31일이므로, 임대부분에 대해 중과세율을 적용한 등록세 신고․납부기한은 임대한 날부터 30일인 같은 해 8월30일과 11월30일이며, 처분청이 등록세를 부과할 수 있는 날은 신고·납부기한의 다음날인 2003년9월1일과 같은해 12월1일이다"라며 "그러므로 등록세 부과의 제척기간은 2003년9월1일과 12월1일부터 5년이 되는 날인 2008년8월31일까지와 11월30일까지이고, 처분청이 부과처분을 한 2008년4월8일은 등록세 부과의 제척기간이 지나기 전"이라고 결정했다.

또 부과처분 중 가산세 부과가 부당하다는 주장에 대해서는 "A씨가 취득 부동산의 활용 계획을 바꿔 일부를 제3자에게 임대했으면 신고·납부기한 내에 중과세율을 적용한 등록세를 신고·납부해야 할 의무가 있는데도 그 의무를 이행하지 않았다"라며 "지방세법에 등록세 납세의무자가 세액에 미달하게 납부한 때에는 '납부불성실 가산세'를 징수토록 돼 있으므로 처분청이 법령을 적용해 가산세를 부과한 것은 적법하다"고 처분청의 손을 들어줬다.