종합부동산세가 2005년에 도입돼 이듬해부터 시행됐으니 내년이면 시행된지 다섯번째 해가 된다. 짧은 시간이지만 종합부동산세는 그동안 상당히 많은 변화를 겪었다. 도입된 첫해에 세부담이 과다하다는 논란이 있었음에도 불구하고 이듬해에는 세부담이 더욱 크게 증가했으며, 그러한 추세는 세번째 해인 2008년에도 계속되는 듯했다. 그러다 2008년말 헌재의 위헌판결과 이명박정권의 종부세 완화정책으로 인해 세부담은 급격하게 축소됐다. 결과적으로 한때는 2조8천억원에 달할 것으로 예상됐던 연간 세수입이 내년도에는 1조원을 약간 웃도는 수준에 그칠 것으로 전망된다.

종합부동산세는 도입 당시 부의 재분배와 부동산가격 안정이라는 두가지 목적을 추구했던 것으로 판단된다. 부동산을 많이 가진 부유한 자로부터 세금을 많이 징수하면 소득과 보유재산이 적은 자들로부터는 세금을 적게 거둬도 된다. 또한 부동산을 많이 보유한 자에게 세금을 많이 부과하면 부동산 보유에 대한 수요를 감소시켜 부동산 가격을 안정시키는데 기여할 것으로 기대됐다.

그외에도 종합부동산세는 수도권 지역에서 세금을 많이 징수해 비수도권 지방으로 재원을 재배분하는 역할도 했다. 도입 초기에는 세수입이 많지 않아 이 세목을 도입함으로 인해 감소한 재산세 및 기타 관련 세목의 세수입 감소분을 보전하는 재원으로 대부분의 세수입이 사용됐으나 세수입이 빠른 속도로 증가하면서 지역간 재배분을 위해 활용되는 재원도 많아졌다.

그런데 5년이 지난 현시점에서 종합부동산세제는 그런 역할을 할 것으로 기대되지 않는다. 헌재의 판결로 인해 재산을 형성하고 운영하는 단위인 가구별 재산의 합산이 불가능하게 돼 부의 재분배 기능에 큰 결함이 생겼다. 부동산가격 안정화 효과에 대해서는 도입 당시부터 상당한 비판이 있었다. 이전의 다른 사례를 봐도 그렇고, 도입 이후의 실증분석 결과들도 대부분 종부세가 부동산가격 안정화에 크게 기여하지 못했다는 결론을 내리고 있다. 또한 2008년의 세제개편과 최근의 부동산 가격 하락으로 인해 2010년에는 종부세 수입이 1조원을 약간 웃도는 수준으로 예상되는 바 세수감소분 보전액을 제외하고 나면 지역간 재배분 재원으로 활용할 수 있는 재원은 그리 많지 않을 것이다. 이와 같이 도입 목적과 주요 기능을 모두 상실한 종합부동산세를 현행대로 유지하는 것은 바람직하지 않다. 

종합부동산세를 개편하는 가장 좋은 방법은 재산보유세의 근간인 재산세에 통합하는 것이다. 재산세는 물건별 누진과세체계를 갖고 있으므로 인별 합산과세인 종합부동산세를 재산세에 그대로 통합할 수는 없다. 그러므로 종부세도 이미 유명무실화된 인별 합산을 폐지하고 물건별 과세로 전환한다면 현행 재산세에서 고가의 재산에 대한 세율체계의 누진도를 약간 강화함으로써 종부세가 과세되던 부분의 재산보유세를 재산세에 통합할 수 있을 것이다. 이 경우 여러 건의 부동산을 보유한 납세자들의 세부담이 감소하고 국가의 세수입이 어느 정도 줄어든다는 문제는 있으나 부동산 보유세를 재산세 하나로 단순화한다는 장점이 있다.

뿐만 아니라 지방세 확충이라는 점에서 이러한 변화는 매우 중요한 의미를 갖는다. 우리나라는 지방의 자체세입이 부족해 지방재정의 책임성이 약화된다는 점이 중요한 문제로 지적되고 있다. 이 문제를 개선하기 위해서는 지방세를 확충해야 하며, 최근에는 이를 위해 지방세를 도입하기로 했다. 그런데 지방소비세는 지방의 자주재원으로 하기에 여러가지 문제점이 있다. 그래서 새로 도입하는 지방소비세도 세부담의 결정이나 재원의 배분에서 지방 자주세적인 성격을 결여하고 있다. 한편 재산보유세는 원래 지방 고유의 세목으로 지방의 자체재원으로 가장 바람직한 세목이라고 할 수 있다. 그러므로 지방의 자주재원을 확충하려면 재산보유세인 재산세를 강화하는 문제를 가장 먼저 검토해야 하며, 종합부동산세를 재산세에 통합해 지방세로 전환하는 것이 좋은 방법이 될 수 있다.