被상속인의 모든 재산 소유권, 이른바 遺産은 상속세 부과대상이 된다. 이때 소유권의 개념에 관하여 상속세법에서는 따로 규정하지 않고 민법 상의 소유권 개념에 따르고 있는 바, 이 또한 세법의 한계라고 하는 다른 법률의 개념을 빌려 쓰고 있는 것이다.
우리나라의 경우에 유산의 대부분이 부동산인데 민법은 부동산의 소유권에 관하여 형식주의 즉 등기주의를 채택하고 있다. 따라서 매매, 증여 등의 원인에 의하여 실질적으로는 소유권이 이전되었다 하더라도 등기라고 하는 법원의 문서에 그 이전이 표시되지 않으면 등기상의 명의자를 법률상 소유권자로 보는 것이다.
이와 같이 매매계약에 의하여 매도인은 매매대금의 전액 즉 잔금까지 수령하고 매수인은 매수한 부동산에서 임대료를 받는 것과 같은 사용, 수익권을 갖는 등 실질적으로는 매매의 효력이 발생되고 있으나 소유권이전등기를 하지 못하여 매도인의 명의로 등기되어 있는 상태에서 매도인이 사망 하였다면 그 매도인의 상속재산으로 보아 과세하는 것이 마땅할 것인가? 하는 문제가 생긴다.
민법상 소유권 변동의 원인이 되는 매매나 증여 등의 행위는 계약자유의 원칙이 지배되는 가운데 자유로이 이전할 수 있는 것이지만 公共의 목적이나 수요에 따라 그 이전행위에 제한을 加하는 경우가 있는데 예를 들면 '국토의계획및이용에관한법률'에 의하여 특정지역의 토지는 토지거래허가구역으로 지정하여 그 허가를 받아야만 소유권 이전이 가능하게 되는 것이다.
이러한 토지는 실질적으로 매매계약은 완결하되 소유권이전등기만 허가를 얻게 되는 때에 이행하기로 하는 이른바 '정지조건부매매계약'을 체결하게 된다. 이 경우에 경제적 실질에 있어서는 소유권이 매수인에게 귀속되었음에도 불구하고 법률적으로는 매도인에게 소유권이 유보되어 있어 경제적 효과와 법률적 효과가 不一致하는 현상을 낳고 있다.
이와 비슷한 현상은 다른 분야에서도 발생될 개연성이 많으므로 그 조화를 꾀하기 위하여 국세기본법(제14조)은 실질과세원칙을 국세부과의 원칙으로 삼았다. 즉 '과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용 한다'고 규정하였다. 이밖에도 국세기본법에서 천명한 실질과세원칙을 구현하기 위한 구체적 특칙을 양도소득세 등 재산권에 관련된 세법에 마련한 규정들을 살펴보면
(1)양도소득세 부과기준 일을 소유권 이전 사실에 불구하고 잔금 지급일을 양도일로 보아 과세하는 취지 (2)양도담보(소득세법 시행령 제151조)의 경우에는 소유권이 채권자에게 이전되었다 하더라도 실질적으로 채권담보의 목적으로 이전 되었다면 양도로 보지 않는다는 취지 (3)국세기본법(제42조)의 物的납세의무를 지움에 있어 양도담보재산이 있는 경우에는 채권자에게 소유권이 이전되었다 하더라도 실질적인 소유권자가 국세를 체납하고 있다면 채권자는 자기 명의(등기)의 재산으로 채무자를 대신하여 납세의무를 져야하는 취지 (4)대법원 판례(대법원2009 두 2504, 2009.4.23.)도 매매계약의 未등기 전매자가 있었다면 등기상의 명의자를 양도인으로 볼 수 없다는 이유로 실질적 소유권을 인정한 사실들을 종합하여 본다면 실질의 개념을 경제적 실질에 두고 있음을 알 수 있다.
정지조건부 매매계약의 경우에 흔히 기한을 定하거나 정하지 않고 그 조건이 성취될 때까지 매매 당사자는 매매계약의 해제권을 유보하는 수가 있다. 이와 같은 매매계약 해제권이 유보된 기한 안에는 그 해제권을 행사하여 원상으로 회복될 수도 있으므로 매도인의 소유로 볼 수 있는 합리성이 있다고 보겠으나 매매계약 해제권을 유보하지 않거나 해제권을 포기함으로써 원상회복의 권리를 상실한 상태라면 경제적 실질을 중시하여 실질과세원칙이 적용되어야 할 것이다.
소유권이전등기라는 형식을 언제 行하느냐? 하는 시간문제일 뿐 , 매수인에게 이전된 권리, 의무는 변경될 수 없기 때문이다. 만일 경제적 실질에 따른 실질과세원칙이 적용되지 않는다면 이미 매도해 버린 부동산이 매도후 가격이 상승된 상태에서 상속이 개시될 때에 매도인은 남의 부동산에 대하여 예측할 수 없는 상속세를 부담하게 된다.
이러한 모순과 경제적 불합리성을 제거하기 위하여는 경제적 실질에 따른 과세원칙이 적용되어야 할 것이다.