지난 2007년 7월1일부터 시행되고 있는 매입자발행 세금계산서 제도의 신청기한이 15일로 너무 짧게 규정돼 있어 제도의 실효성이 떨어진다는 지적이 나왔다.

감사원은 지난 2006년 1월1일~2008년 6월30일까지 국세청이 집행한 부가세 업무에 대한 감사 결과를 최근 발표했다.

감사원에 따르면 지난 2007년 7월1일부터 2008년 9월30일까지 매입자발행 세금계산서의 신청 및 처리실태를 확인한 결과, 전국 107개 세무서 중 36개 세무서에 총 55건이 신청돼 이중 50건이 처리됐다.

이처럼 매입자발행 세금계산서의 신청건수가 저조한 것은 신청기한이 ‘거래일로부터 15일 이내’로 너무 짧아 신청을 아예 포기하기 때문인 것으로 나타났다.

실제 지난 2007년 7월1일부터 2008년 9월30일까지 신청·처리된 50건 가운데 12건은 승인되고 나머지 38건은 매입자발행 세무계산서를 교부하지 못했으며, 38건 가운데 22건은 거래일로부터 15일이 초과됐다는 이유로 매입자발행 세금계산서를 발행하지 못한 것으로 나타났다.

감사원은 이에 따라 매입자발행 세금계산서 신청기한을 규정할 때에는 실무상 세금계산서 발행이 주로 월말이나 3개월 단위로 이뤄지는 점을 감안해 세금계산서를 교부받지 못한 매입자가 매입자발행 세금계산서를 원활히 발행할 수 있도록 신청기한을 합리적으로 규정하는 것이 바람직하다고 밝혔다.

매입자발행 세금계산서 제도는 ‘Self-Billing 세금계산서 제도’라고도 불리며, 매입자가 관할세무서장에게 거래사실을 확인받아 세금계산서를 발행하면 매입세액 공제를 허용해 주는 제도다.

즉 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(일반과세자)가 재화 또는 용역을 공급하고 그에 대한 세금계산서를 발행하지 않는 경우, 재화 또는 용역을 공급받은 사업자(매입자)가 관할세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있는 제도를 말한다.

공급자가 세금계산서를 발행하지 않는 경우, 매입자는 거래시기로부터 15일 이내에 거래사실 확인신청서에 거래사실 입증자료를 첨부해 매입자 관할세무서장에게 신청해야 한다.