법인사업자가 임대주택을 건설해 임대를 해오다 임대주택을 양도하는 경우, 각 사업연도 소득 및 토지양도소득에 대한 법인세를 납부해야 한다는 해석이 나왔다.

국세청은 지난 2일 A사가 ‘정부로부터 임대주택건설자금을 융자받아 임대주택을 건설해 임대사업을 해오다 회사자금 사정으로 임대하고 있던 임대주택을 매각한 경우 법인세 과세대상인지 여부’를 묻는 질의에 이같이 답했다.

국세청은 임대주택을 건설해 임대용역을 제공하던 법인사업자가 임대주택을 양도하는 경우, 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부해야 한다고 밝혔다.

국세청은 다만, 양도하는 임대주택이 법인세법 시행령 제92조의2(토지등양도소득에 대한 과세특례)제2항 제1의2호에 해당되는 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가납부하지 않는다고 덧붙였다.

A사는 정부로부터 임대주택건설자금(국민주택기금)을 융자받아 임대주택을 건설하고 임대를 하고 있는 법인으로, 천안시 안서동에 230세대(전용면적 19.7555㎡)의 임대주택을 천안시장으로부터 1997년 허가받았다.

이후 2000년초 대지를 구입하고 임대주택을 건설해 2000.8.30일 준공하고 2000.9.4일 임대승인을 받아 2007.3월까지 임대를 했으나 회사의 자금사정으로 인해 임대하고 있던 임대주택을 매각하게 됐다.

이에 A사는 임대주택법에 따라 사업승인을 받고 임대사업에 사용하던 임대주택 매각시 발생하는 양도차익이 법인세 과세대상인지 여부를 물었다.

한편 국세청은 장기임대주택 양도에 대한 양도소득세 감면규정인 조세특례제한법 제97조의 규정은 거주자의 양도소득세에 대해서만 적용된다고 밝혔다.